אגה מוחמד חאן, לאחר שיצא מנצח ממלחמת האזרחים בעקבות פטירתו של מלך זנד האחרון, התמקד באיחוד וריכוז איראן.
[54] לאחר שאה נאדר ועידן זנד, השטחים הקווקזיים של איראן יצרו חאנות שונות.אגה מוחמד חאן שאף לשלב מחדש את האזורים הללו באיראן, תוך שהוא רואה אותם אינטגרליים כמו כל טריטוריה יבשתית.אחת המטרות העיקריות שלו הייתה גאורגיה, שבה הוא ראה חשיבות מכרעת לריבונות האיראנית.הוא דרש מהמלך הגיאורגי, ארקל השני, לוותר על הסכם עם רוסיה משנת 1783 ולקבל מחדש את הריבונות הפרסית, אשר ארקל השני סירב.בתגובה, פתח אגה מוחמד חאן במערכה צבאית, שהצליח לבסס מחדש את השליטה האיראנית בשטחים קווקזיים שונים, כולל
ארמניה של ימינו,
אזרבייג'ן , דאגסטן ואיגדיר.הוא ניצח בקרב קרטסאניסי, והוביל לכיבוש טביליסי ולהכניעה יעילה מחדש של
גאורגיה .
[55]בשנת 1796, לאחר שחזר ממסעו המוצלח בגאורגיה והסיע אלפי שבויים גאורגים לאיראן, הוכתר אגה מוחמד חאן רשמית לשאה.שלטונו נגדע בהתנקשות ב-1797 בעת תכנון משלחת נוספת נגד גאורגיה.לאחר מותו,
רוסיה ניצלה את חוסר היציבות האזורית.בשנת 1799, כוחות רוסים נכנסו לטביליסי, ועד 1801, הם סיפחו למעשה את גאורגיה.התרחבות זו סימנה את תחילתן של מלחמות רוסיה-פרס (1804-1813 ו-1826-1828), שהובילה בסופו של דבר לוויתור של מזרח גאורגיה, דאגסטן, ארמניה ואזרבייג'ן לרוסיה, כפי שנקבע בהסכמי גוליסטן וטורקמנצ'אי.לפיכך, השטחים שמצפון לנהר עראס, כולל אזרבייג'ן העכשווית, מזרח גאורגיה, דאגסטן וארמניה, נותרו חלק מאיראן עד כיבושם במאה ה-19 בידי רוסיה.
[56]בעקבות מלחמות רוסיה-פרס והאובדן הרשמי של שטחים עצומים בקווקז, התרחשו שינויים דמוגרפיים משמעותיים.המלחמות של 1804–1814 ו-1826–1828 הובילו להגירות גדולות הידועות בשם מוהאג'יר קווקזי לאיראן היבשתית.תנועה זו כללה קבוצות אתניות שונות כמו איירומים, קרפפקים, צ'רקסים, לזגינים שיעים ומוסלמים טרנס-קווקזים אחרים.
[57] לאחר הקרב על גאנג'ה בשנת 1804, רבים מבני האיירומים והקרפאפקים יושבו מחדש בטבריז, איראן.לאורך מלחמת 1804–1813, ולאחר מכן במהלך הסכסוך 1826–1828, נדדו יותר מהקבוצות הללו מהשטחים הרוסיים החדשים שנכבשו לסולדוז במחוז מערב אזרבייג'ן של היום, איראן.
[58] הפעילות הצבאית הרוסית ובעיות הממשל בקווקז הביאו מספר רב של מוסלמים וכמה נוצרים גאורגים לגלות לאיראן.
[59]מ-1864 ועד תחילת המאה ה-20, התרחשו גירושים נוספים והגירות מרצון בעקבות הניצחון הרוסי במלחמת הקווקז.זה הוביל לתנועות נוספות של מוסלמים קווקזים, כולל אזרבייג'נים, מוסלמים טרנס-קווקזים אחרים, וקבוצות צפון קווקזיות כמו צ'רקסים, שיעים לזגינים ולקים, לעבר איראן וטורקיה.
[57] רבים מהמהגרים הללו מילאו תפקידים מכריעים בהיסטוריה של איראן, והיוו חלק נכבד מבריגדת הקוזקים הפרסית שהוקמה בסוף המאה ה-19.
[60]הסכם טורקמנצ'אי ב-1828 גם הקל על יישובם מחדש של ארמנים מאיראן לשטחים שנשלטו לאחרונה על ידי רוסיה.
[61] מבחינה היסטורית, הארמנים היו הרוב במזרח ארמניה אך הפכו למיעוט בעקבות מסעותיו
של טימור והדומיננטיות האסלאמית שלאחר מכן.
[62] הפלישה הרוסית לאיראן שינתה עוד יותר את ההרכב האתני, והובילה לרוב ארמני במזרח ארמניה עד 1832. שינוי דמוגרפי זה התגבש עוד יותר לאחר מלחמת קרים ומלחמת רוסיה-טורקיה בשנים 1877–1878.
[63]במהלך תקופה זו חוותה איראן מעורבות דיפלומטית מערבית מוגברת תחת פאת עלי שאה.נכדו, מוחמד שאה קג'אר, בהשפעת רוסיה, ניסה ללא הצלחה ללכוד את הראט.נאסר א-דין שאה קג'אר, שירש את מוחמד שאה, היה שליט מצליח יותר, והקים את בית החולים המודרני הראשון באיראן.
[64]הרעב הפרסי הגדול בשנים 1870–1871 היה אירוע קטסטרופלי, שהביא למותם של כשני מיליון בני אדם.
[65] תקופה זו סימנה מעבר משמעותי בהיסטוריה הפרסית, שהובילה למהפכה החוקתית הפרסית נגד השאה בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20.למרות האתגרים, השאה נעתר לחוקה מוגבלת ב-1906, והפך את פרס למונרכיה חוקתית והוביל לכינוס המג'לס (הפרלמנט) הראשון ב-7 באוקטובר 1906.גילוי הנפט ב-1908 בח'וזסטן על ידי הבריטים העצים אינטרסים זרים בפרס, במיוחד על ידי
האימפריה הבריטית (קשור לוויליאם נוקס ד'ארסי וחברת הנפט האנגלו-איראנית, כיום BP).תקופה זו התאפיינה גם על ידי היריבות הגיאופוליטית בין הממלכה המאוחדת לרוסיה על פרס, המכונה "המשחק הגדול".האמנה האנגלו-רוסית משנת 1907 חילקה את פרס לתחומי השפעה, וערערה את ריבונותה הלאומית.במהלך
מלחמת העולם הראשונה , פרס נכבשה על ידי כוחות בריטיים, עות'מאניים ורוסים אך נותרה ניטרלית ברובה.לאחר מלחמת העולם הראשונה והמהפכה
הרוסית ניסתה בריטניה להקים מדינת חסות על פרס, מה שבסופו של דבר נכשל.חוסר היציבות בתוך פרס, שהודגשה על ידי התנועה החוקתית של גילאן והיחלשות ממשלת קג'אר, סללה את הדרך לעלייתו של רזא חאן, לימים רזא שאה פהלווי, ולהקמת שושלת פהלווי ב-1925. הפיכה צבאית מרכזית ב-1921, הובילה. מאת רזא חאן מהבריגדה הקוזקית הפרסית וסייד זיאדין טבטבאי, נועדה תחילה לשלוט בפקידי ממשל במקום להפיל ישירות את המלוכה הקג'רית.
[66] השפעתו של רזא חאן הלכה וגברה, וב-1925, לאחר שכיהן כראש ממשלה, הוא הפך לשאה הראשון של שושלת פהלווי.