נשיאותו של אכבר האשמי רפסנג'אני, שהחלה ב-16 באוגוסט 1989, התאפיינה בהתמקדות בליברליזציה כלכלית ודחיפה לקראת הפרטה, בניגוד לגישה הנשלטת יותר על ידי המדינה של ממשלים קודמים ברפובליקה האסלאמית של איראן.ממשל רפסנג'אני, שתואר כ"ליברלי כלכלית, סמכותנית פוליטית ומסורתית מבחינה פילוסופית", התמודד עם התנגדות מצד גורמים רדיקליים במג'לס (הפרלמנט האיראני).^[114]במהלך כהונתו, רפסנג'אני היה גורם מרכזי בשיקום איראן לאחר המלחמה לאחר מלחמת איראן-עיראק.^[115] הממשל שלו ניסה לרסן את סמכויותיהם של אולטרה-שמרנים, אך מאמצים אלה לא צלחו במידה רבה מאחר שמשמרות המהפכה האיראניים צברו כוח רב יותר בהדרכתו של חמינאי.רפסנג'אני התמודד עם האשמות על שחיתות הן מצד סיעות שמרניות ^[116] והן של פלגים רפורמיסטיים, ^[117] ונשיאותו נודעה בפעולות קשות נגד מתנגדים.^[118]לאחר המלחמה, ממשלתו של רפסנג'אני התמקדה בפיתוח לאומי.תוכנית הפיתוח הראשונה של הרפובליקה האסלאמית של איראן נוסחה תחת ממשלו, במטרה לחדש את ההגנה, התשתית, התרבות והכלכלה של איראן.התוכנית ביקשה לענות על צרכים בסיסיים, לתקן את דפוסי הצריכה ולשפר את הניהול המנהלי והמשפטי.ממשלתו של רפסנג'אני צוינה כמי שהעניקה עדיפות לפיתוח תשתיות תעשייתיות ותחבורה.מבחינה מקומית, רפסנג'אני דגל בכלכלת שוק חופשי, כשהוא שואף לליברליזציה כלכלית עם קופת המדינה שהתחזקה בהכנסות מנפט.הוא התכוון לשלב את איראן בכלכלה העולמית, תוך תמיכה במדיניות התאמה מבנית בהשראת הבנק העולמי.גישה זו חיפשה כלכלה מודרנית מבוססת תעשייה, בניגוד למדיניותו של יורשו, מחמוד אחמדינג'אד, שהעדיף חלוקה מחדש כלכלית ועמדה קשוחה נגד התערבות מערבית.רפסנג'אני עודד שיתוף פעולה בין אוניברסיטאות ותעשיות, והדגיש את הצורך להסתגל לנוף הגלובלי המשתנה במהירות.הוא יזם פרויקטים כמו אוניברסיטת אזאד האסלאמית, המסמל מחויבות לחינוך ופיתוח.^[119]בתקופת כהונתו של רפסנג'אני הוצאו להורג גם קבוצות שונות על ידי מערכת המשפט של איראן, כולל מתנגדים פוליטיים, קומוניסטים, כורדים, בהאים ואפילו כמה אנשי דת איסלאמיים.הוא נקט עמדה קשה במיוחד נגד ארגון מוג'הדין העממי של איראן, ודגל בעונשים קשים בהתאם לחוק האסלאמי.^[120] רפסנג'אני עבד בצמוד לחמינאי כדי להבטיח יציבות שלטונית לאחר מותו של חומייני.בענייני חוץ פעל רפסנג'אני לתיקון היחסים עם מדינות ערב והרחבת הקשרים עם מדינות במרכז אסיה ובקווקז.עם זאת, היחסים עם מדינות מערביות, במיוחד ארה"ב, נותרו מתוחים.ממשלתו של רפסנג'אני סיפקה סיוע הומניטרי במהלך מלחמת המפרץ הפרסי והביעה תמיכה ביוזמות שלום במזרח התיכון.הוא גם מילא תפקיד משמעותי בתמיכה בתוכנית הגרעין של איראן, והבטיח שהשימוש של איראן בטכנולוגיה גרעינית היה שליו.^[121]