שמונה השנים של שתי כהונותיו של מוחמד חתאמי כנשיא בשנים 1997–2005 נקראות לפעמים עידן הרפורמה של איראן.^[122] נשיאותו של מוחמד חתאמי, שהחלה ב-23 במאי 1997, סימנה שינוי משמעותי בנוף הפוליטי של איראן, תוך שימת דגש על רפורמה ומודרניזציה.ניצחונו בבחירות עם 70% יוצאי דופן מהקולות על רקע אחוז הצבעה גבוה של כמעט 80%, ניצחונו של חאתמי בלט בזכות תמיכתו הרחבה, כולל שמאלנים מסורתיים, מנהיגים עסקיים הדוגלים בפתיחות כלכלית ומצביעים צעירים יותר.^[123]בחירתו של חתאמי סימנה רצון לשינוי בחברה האיראנית, במיוחד לאחר מלחמת איראן- עיראק ותקופת השיקום שלאחר הסכסוך.נשיאותו, הקשורה לעתים קרובות ל"תנועת ח'ורדד השנייה", התמקדה בשלטון החוק, בדמוקרטיה ובהשתתפות פוליטית כוללת.בתחילה, העידן החדש ראה ליברליזציה משמעותית.מספר העיתונים היומיים שפורסמו באיראן גדל מחמישה לעשרים ושישה.גם הוצאת כתבי עת וספרים זינקה.תעשיית הקולנוע של איראן פרחה תחת משטר חאתמי וסרטים איראנים זכו בפרסים בקאן ובונציה.^[124] עם זאת, האג'נדה הרפורמיסטית שלו התנגשה לעתים קרובות עם הגורמים השמרניים של איראן, במיוחד אלה בעמדות חזקות כמו מועצת השומרים.התנגשויות אלה הביאו לעתים קרובות לתבוסתו של חתאמי בקרבות פוליטיים, והובילו להתפכחות בקרב תומכיו.ב-1999 הוצבו שוליים חדשים על העיתונות.בתי המשפט אסרו יותר מ-60 עיתונים.^[124] בעלי ברית חשובים של הנשיא חתאמי נעצרו, נשפטו ונכלאו על רקע מה שמשקיפים מבחוץ ראו כ"מופרע" ^[125] או על רקע אידיאולוגי.הממשל של חתאמי היה כפוף מבחינה חוקתית למנהיג העליון, והגביל את סמכותו על מוסדות המדינה המרכזיים.ניסיון החקיקה הבולט שלו, "הצעות החוק התאומות", נועד לתקן את חוקי הבחירות ולהבהיר את סמכויות הנשיא.הצעות חוק אלו התקבלו על ידי הפרלמנט אך הוטו על ידי מועצת השומרים, המסמלת את האתגרים שניצבו בפני חתאמי ביישום רפורמות.נשיאותו של חתאמי התאפיינה בדגש על חופש העיתונות, חברה אזרחית, זכויות נשים, סובלנות דתית והתפתחות פוליטית.הוא ביקש לשפר את תדמיתה של איראן ברמה הבינלאומית, תוך שיתוף פעולה עם האיחוד האירופי והיה לנשיא האיראני הראשון שביקר בכמה מדינות באירופה.מדיניותו הכלכלית המשיכה את מאמצי התיעוש של ממשלות קודמות, תוך התמקדות בהפרטה ושילוב כלכלת איראן בשוק העולמי.למרות מאמצים אלה, איראן עמדה בפני אתגרים משמעותיים, כולל אבטלה ומאבק מתמשך בעוני.במדיניות החוץ, חתאמי כיוון לפיוס על רקע עימות, דגל ב"דיאלוג בין ציוויליזציות" וניסיון לתקן את היחסים עם המערב.כמה מדינות באיחוד האירופי החלו לחדש את הקשרים הכלכליים עם איראן בסוף שנות ה-90, והמסחר וההשקעות גדלו.ב-1998, בריטניה כינסה מחדש את היחסים הדיפלומטיים עם איראן, שנשברו מאז המהפכה של 1979.ארצות הברית שחררה את האמברגו הכלכלי שלה, אך היא המשיכה לחסום יחסים מנורמלים יותר, בטענה שהמדינה הייתה מעורבת בטרור בינלאומי ומפתחת יכולת נשק גרעיני.