ในปี 1305 พระสันตะปาปาเคลมองต์ที่ 5 พระองค์ใหม่ซึ่งประจำอยู่ที่เมืองอาวิญง ประเทศฝรั่งเศส ได้ส่งจดหมายถึงทั้งปรมาจารย์เทมพลาร์ ฌาค เดอ โมเลย์ และปรมาจารย์ ฮอสปิทั ลเลอร์ ฟุลค์ เดอ วิลลาเรต์ เพื่อหารือเกี่ยวกับความเป็นไปได้ในการรวมคำสั่งทั้งสองเข้าด้วยกัน ทั้งสองฝ่ายไม่เห็นด้วยกับแนวคิดนี้ แต่สมเด็จพระสันตะปาปาเคลมองต์ยังคงยืนกราน และในปี 1306 พระองค์ได้เชิญปรมาจารย์ทั้งสองไปที่ฝรั่งเศสเพื่อหารือเกี่ยวกับเรื่องนี้
เดอโมเลย์มาถึงก่อนในต้นปี 1307 แต่เดอวียาเรต์ล่าช้าไปหลายเดือน ระหว่างรอ เดอโมเลย์และเคลมองต์ได้พูดคุยกันถึงข้อกล่าวหาทางอาญาที่เกิดขึ้นเมื่อสองปีก่อนโดยเทมพลาร์ที่ถูกขับไล่ และกษัตริย์ฟิลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศสและรัฐมนตรีของเขากำลังหารือกันอยู่ โดยทั่วไปเห็นพ้องกันว่าข้อกล่าวหาดังกล่าวเป็นเท็จ แต่เคลเมนท์ได้ส่งคำร้องขอเป็นลายลักษณ์อักษรให้กษัตริย์ขอความช่วยเหลือในการสอบสวน ตามที่นักประวัติศาสตร์บางคนกล่าวไว้ กษัตริย์ฟิลิปซึ่งเป็นหนี้เทมพลาร์อย่างลึกซึ้งอยู่แล้วจากการทำสงครามกับอังกฤษ ทรงตัดสินใจที่จะยึดข่าวลือดังกล่าวเพื่อจุดประสงค์ของพระองค์เอง เขาเริ่มกดดันคริสตจักรให้ดำเนินการฝ่าฝืนคำสั่งดังกล่าว เพื่อเป็นการปลดปล่อยตัวเองจากหนี้สินของเขา
รุ่งเช้าวันศุกร์ที่ 13 ตุลาคม ค.ศ. 1307 ซึ่งเป็นวันที่ที่บางครั้งอ้างอย่างไม่ถูกต้องว่าเป็นที่มาของเรื่องราวยอดนิยมเกี่ยวกับวันศุกร์ที่ 13 กษัตริย์ฟิลิปที่ 4 ทรงสั่งให้เดอโมเลย์และเทมพลาร์ชาวฝรั่งเศสคนอื่นๆ อีกหลายคนถูกจับกุมพร้อมกัน หมายจับเริ่มต้นด้วยคำว่า Dieu n'est pas content, nous avons des ennemis de la foi dans le Royaume" ("พระเจ้าไม่ทรงพอพระทัย เรามีศัตรูผู้ศรัทธาในอาณาจักร") โดยอ้างว่าในระหว่าง พิธีรับสมัครเทมพลาร์ ทหารเกณฑ์ถูกบังคับให้ถ่มน้ำลายบนไม้กางเขน ปฏิเสธพระคริสต์ และจูบกันอย่างไม่เหมาะสม พี่น้องชายยังถูกกล่าวหาว่าบูชารูปเคารพ และกล่าวกันว่าคำสั่งดังกล่าวสนับสนุนพฤติกรรมรักร่วมเพศหลายข้อกล่าวหาที่มีลักษณะคล้ายคลึงกัน ต่อข้อกล่าวหาต่อกลุ่มที่ถูกข่มเหงอื่นๆ เช่น ชาวยิว คนนอกรีต และผู้ถูกกล่าวหาว่าแม่มด แม้ว่าข้อกล่าวหาเหล่านี้มีความเกี่ยวข้องทางการเมืองอย่างมากโดยไม่มีหลักฐานที่แท้จริงใดๆ ผู้ต้องหาหลายคนสารภาพข้อกล่าวหาเหล่านี้ภายใต้การทรมาน (แม้ว่าเทมพลาร์จะปฏิเสธว่าถูกทรมานในคำสารภาพเป็นลายลักษณ์อักษร) และคำสารภาพของพวกเขา แม้ว่าจะได้มาภายใต้การข่มขู่ แต่ก็ก่อให้เกิดเรื่องอื้อฉาวในปารีส นักโทษถูกบังคับให้สารภาพว่าพวกเขาถ่มน้ำลายใส่ไม้กางเขน คนหนึ่งกล่าวว่า: "Moi, Raymond de La Fère, 21 ปี, reconnais que j'ai craché trois fois sur la Croix, mais de bouche et pas de cOEur" ("ฉัน Raymond de La Fère อายุ 21 ปียอมรับว่าฉัน ได้ทะเลาะวิวาทกันบนไม้กางเขนสามครั้ง แต่จากปากของฉันเท่านั้น ไม่ใช่จากใจของฉัน") พวกเทมพลาร์ถูกกล่าวหาว่าบูชารูปเคารพและต้องสงสัยว่าบูชารูปปั้นที่รู้จักกันในชื่อ Baphomet หรือศีรษะที่ถูกตัดเป็นมัมมี่ที่พวกเขาพบ รวมถึงสิ่งประดิษฐ์อื่นๆ ที่สำนักงานใหญ่เดิมบน Temple Mount ซึ่งนักวิชาการหลายคนสันนิษฐานว่าอาจเป็นของ John the Baptist เหนือสิ่งอื่นใด