พวกครูเสดเริ่มออกจากคอนสแตนติโนเปิลในปลายเดือนเมษายน ค.ศ. 1097 ก็อดฟรีย์แห่งบูยงเป็นคนแรกที่มาถึงไนซีอา โดยมีโบเฮมอนด์แห่งทารันโต หลานชายของโบเฮมอนด์ แทนเครด เรย์มงด์ที่ 4 แห่งตูลูส และโรเบิร์ตที่ 2 แห่งฟลานเดอร์สติดตามเขา พร้อมด้วยปีเตอร์ที่ ฤาษีและผู้รอดชีวิตจากสงครามครูเสดประชาชน และกองกำลัง ไบแซนไทน์ เล็กๆ ภายใต้การนำของมานูเอล บูตูมิต พวกเขามาถึงในวันที่ 6 พฤษภาคม โดยขาดแคลนอาหารอย่างมาก แต่โบเฮมอนด์ได้จัดเตรียมอาหารไว้ให้นำทางบกและทางทะเล พวกเขาเริ่มปิดล้อมเมืองตั้งแต่วันที่ 14 พฤษภาคม โดยมอบหมายกองกำลังไปยังส่วนต่างๆ ของกำแพง ซึ่งได้รับการป้องกันอย่างดีด้วยหอคอย 200 หลัง โบเฮมอนด์ตั้งค่ายอยู่ทางด้านเหนือของเมือง ก็อดฟรีย์ทางทิศใต้ และเรย์มงด์และอาเดมาร์แห่งเลอปุยที่ประตูตะวันออก
ในวันที่ 16 พฤษภาคม กองหลังชาวตุรกีได้ออกไปโจมตีพวกครูเสด แต่พวกเติร์ก พ่ายแพ้ในการชุลมุนโดยสูญเสียทหารไป 200 นาย พวกเติร์กส่งข้อความถึง Kilij Arslan ขอร้องให้เขากลับมา และเมื่อเขาตระหนักถึงความแข็งแกร่งของพวกครูเสด เขาก็รีบหันกลับมา ปาร์ตี้ล่วงหน้าพ่ายแพ้โดยกองทหารภายใต้เรย์มอนด์และโรเบิร์ตที่ 2 แห่งแฟลนเดอร์สเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม และในวันที่ 21 พฤษภาคม กองทัพผู้ทำสงครามครูเสดเอาชนะคิลิจในการรบแบบขว้างซึ่งกินเวลายาวนานจนถึงกลางคืน การสูญเสียหนักหน่วงทั้งสองฝ่าย แต่ในท้ายที่สุดสุลต่านก็ล่าถอยแม้จะได้รับคำวิงวอนจากพวกไนเซียนเติร์กก็ตาม พวกครูเสดที่เหลือมาถึงตลอดช่วงที่เหลือของเดือนพฤษภาคม โดยโรเบิร์ต เคอร์โธส และสตีเฟนแห่งบลัวส์มาถึงต้นเดือนมิถุนายน ในขณะเดียวกัน Raymond และ Adhemar ได้สร้างเครื่องจักรปิดล้อมขนาดใหญ่ ซึ่งถูกม้วนขึ้นไปที่ Gonatas Tower เพื่อโจมตีฝ่ายป้องกันบนกำแพง ในขณะที่คนงานขุดเหมืองหอคอยจากด้านล่าง หอคอยได้รับความเสียหายแต่ไม่มีความคืบหน้าเพิ่มเติม
จักรพรรดิไบแซนไทน์ Alexios ฉันเลือกที่จะไม่ติดตามพวกครูเสด แต่เดินออกไปด้านหลังพวกเขาและตั้งค่ายของเขาที่ Pelekanon ที่อยู่ใกล้เคียง จากนั้นเขาได้ส่งเรือแล่นไปทั่วแผ่นดินเพื่อช่วยพวกครูเสดปิดล้อมทะเลสาบ Ascanius ซึ่งจนถึงจุดนี้พวกเติร์กใช้เพื่อจัดหาอาหารให้กับไนซีอา เรือมาถึงในวันที่ 17 มิถุนายน ภายใต้คำสั่งของ Manuel Boutoumites นายพล Tatikios ก็ถูกส่งไปพร้อมกับทหารราบ 2,000 นาย Alexios ได้สั่งให้ Boutoumites เจรจาอย่างลับๆเกี่ยวกับการยอมจำนนของเมืองโดยที่พวกครูเสดไม่รู้ Tatikios ได้รับคำสั่งให้เข้าร่วมกับพวกครูเสดและโจมตีโดยตรงบนกำแพง ในขณะที่ Boutoumites จะแสร้งทำแบบเดียวกันเพื่อให้ดูเหมือนกับว่า Byzantines ได้ยึดเมืองในการสู้รบ สิ่งนี้เสร็จสิ้น และในวันที่ 19 มิถุนายน พวกเติร์กก็ยอมจำนนต่อบูทูมิเตส
การปิดล้อมไนซีอา 1,097 © HistoryMaps
เมื่อพวกครูเสดรู้ว่าอเล็กซิออสทำอะไร พวกเขาก็โกรธมากเพราะหวังจะปล้นเมืองเพื่อเงินและสิ่งของต่างๆ อย่างไรก็ตาม บูทูมิตได้รับการตั้งชื่อว่า dux of Nicaea และห้ามมิให้พวกครูเซเดอร์เข้าร่วมเป็นกลุ่มที่มีจำนวนมากกว่า 10 คนในแต่ละครั้ง บูทูมิเตยังขับไล่นายพลชาวตุรกีซึ่งเขาถือว่าไม่น่าเชื่อถือพอๆ กัน ครอบครัวของคิลิจ อาร์สลานไปที่กรุงคอนสแตนติโนเปิลและในที่สุดก็ได้รับการปล่อยตัวโดยไม่มีค่าไถ่ Alexios ให้เงิน ม้า และของขวัญอื่นๆ แก่พวกครูเสด แต่พวกครูเสดไม่พอใจกับสิ่งนี้ โดยเชื่อว่าพวกเขาจะได้มากกว่านี้หากพวกเขาจับไนซีอาด้วยตัวเอง ชาวบูตูมิจะไม่อนุญาตให้พวกเขาออกไปจนกว่าพวกเขาทั้งหมดจะสาบานตนเป็นข้าราชบริพารต่ออเล็กซิออส หากพวกเขายังไม่ได้ทำเช่นนั้นในกรุงคอนสแตนติโนเปิล เช่นเดียวกับที่เขาทำในกรุงคอนสแตนติโนเปิล ในตอนแรก Tancred ปฏิเสธ แต่ในที่สุดเขาก็ยอมแพ้
พวกครูเสดออกจากไนซีอาในวันที่ 26 มิถุนายนโดยแบ่งเป็นสองกลุ่ม ได้แก่ โบเฮมอนด์, แทนเครด, โรแบร์ที่ 2 แห่งฟลานเดอร์ส และตาติคิออสในแนวหน้า และก็อดฟรีย์ บอลด์วินแห่งบูโลญจน์ สตีเฟน และฮิวจ์แห่งแวร์ม็องดัวส์อยู่ด้านหลัง Tatikios ได้รับคำสั่งให้นำเมืองที่ถูกยึดกลับคืนสู่จักรวรรดิ พวกเขามีกำลังใจสูงส่ง และสตีเฟนเขียนถึงอเดลาภรรยาของเขาว่าพวกเขาคาดว่าจะอยู่ในกรุงเยรูซาเล็มภายในห้าสัปดาห์