بین سالهای 1258 و 1291، این منطقه به عنوان مرز بین مهاجمان مغول ، که گهگاه با صلیبیون متحد می شدند وممالیکمصر ، با آشفتگی مواجه شد.این درگیری منجر به کاهش قابل توجه جمعیت و مشکلات اقتصادی شد.مملوک ها عمدتاً ترک تبار بودند و در کودکی خریداری شده و سپس در جنگ آموزش دیدند.آنها جنگجویان بسیار ارزشمندی بودند که به حاکمان استقلال از اشراف بومی دادند.در مصر پس از تهاجم ناموفق صلیبیون (جنگ صلیبی هفتم) پادشاهی را تحت کنترل گرفتند.ممالیک بر مصر مسلط شدند و حکومت خود را تا فلسطین گسترش دادند.اولین سلطان ممالیک، قوتوز، مغول ها را در نبرد عین جالوت شکست داد، اما توسط بایبرس که جانشین او شد و اکثر پاسگاه های صلیبیون را از بین برد، ترور شد.ممالیک تا سال 1516 بر فلسطین حکومت کردند و آن را بخشی از سوریه می دانستند.در هبرون، یهودیان در غار پدرسالاران، مکان مهمی در یهودیت، با محدودیت هایی مواجه شدند، محدودیتی که تا جنگ شش روزه ادامه داشت.^[146]الاشرف خلیل، سلطان مملوک، آخرین سنگر صلیبیون را در سال 1291 به تصرف خود درآورد.این ویرانی منجر به تخلیه طولانی مدت جمعیت و کاهش اقتصادی در این مناطق شد.^[147]جامعه یهودیان در فلسطین با هجوم یهودیان سفاردی پس از اخراج آنها ازاسپانیا در سال 1492 و آزار و اذیت در پرتغال در سال 1497، شاهد تجدید قوا بود. بیشتر جامعه یهودی مستعربی روستایی.^[148]