การปะทุของสงครามในมหาสมุทรแปซิฟิกในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2484 พบว่า อังกฤษ ในแหลมมลายาไม่ได้เตรียมพร้อมเลยในช่วงทศวรรษที่ 1930 โดยคาดว่าจะมีภัยคุกคามจากอำนาจทางเรือของญี่ปุ่นเพิ่มมากขึ้น พวกเขาได้สร้างฐานทัพเรือขนาดใหญ่ที่ สิงคโปร์ แต่ไม่เคยคาดว่าจะมีการรุกรานมลายูจากทางเหนือแทบไม่มีความจุทางอากาศของอังกฤษในตะวันออกไกลด้วยเหตุนี้ญี่ปุ่น จึงสามารถโจมตีจากฐานทัพของตนในอินโดจีน ของฝรั่งเศส ได้โดยไม่ต้องรับโทษ และแม้จะมีการต่อต้านจากกองกำลังอังกฤษ ออสเตรเลีย และอินเดีย พวกเขาก็พิชิตแหลมมลายูได้ภายในสองเดือนสิงคโปร์ซึ่งไม่มีแนวป้องกันทางบก ไม่มีที่บังทางอากาศ และไม่มีน้ำประปา ถูกบังคับให้ยอมจำนนในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 บอร์เนียวเหนือของอังกฤษและบรูไนก็ถูกยึดครองเช่นกันรัฐบาลอาณานิคมของญี่ปุ่นมองชาวมาเลย์จากมุมมองของเอเชีย และส่งเสริมลัทธิชาตินิยมมาเลย์ในรูปแบบที่จำกัดKesatuan Melayu Muda นักชาตินิยมชาวมลายู ผู้สนับสนุนกลุ่มมลายู รายา ร่วมมือกับชาวญี่ปุ่น บนพื้นฐานความเข้าใจที่ว่าญี่ปุ่นจะรวมหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของดัตช์ มาลายา และบอร์เนียวเข้าด้วยกัน และมอบเอกราชให้พวกเขา^[80] ผู้ยึดครองถือว่าชาวจีน เป็นมนุษย์ต่างดาวที่เป็นศัตรู และปฏิบัติต่อพวกเขาอย่างรุนแรง ในช่วงที่เรียกว่า ซุกชิง (การทำให้บริสุทธิ์โดยความทุกข์ทรมาน) ชาวจีนมากถึง 80,000 คนในมาลายาและสิงคโปร์ถูกสังหารชาวจีนซึ่งนำโดยพรรคคอมมิวนิสต์มลายู (MCP) กลายเป็นกระดูกสันหลังของกองทัพต่อต้านญี่ปุ่นของชาวมลายู (MPAJA)ด้วยความช่วยเหลือของอังกฤษ MPAJA กลายเป็นกองกำลังต่อต้านที่มีประสิทธิผลมากที่สุดในประเทศแถบเอเชียที่ถูกยึดครองแม้ว่าญี่ปุ่นจะโต้แย้งว่าพวกเขาสนับสนุนลัทธิชาตินิยมมลายู พวกเขาก็ขุ่นเคืองลัทธิชาตินิยมมลายูโดยยอมให้ ไทย ที่เป็นพันธมิตรของพวกเขาผนวกรวมรัฐทางตอนเหนือสี่รัฐ ได้แก่ เกอดะห์ ปะลิส กลันตัน และตรังกานู ที่ถูกโอนไปยังมลายาบริติชในปี พ.ศ. 2452 การสูญเสียดินแดนมลายู ในไม่ช้าตลาดส่งออกทำให้เกิดการว่างงานจำนวนมาก ซึ่งส่งผลกระทบต่อทุกเชื้อชาติ และทำให้ชาวญี่ปุ่นไม่เป็นที่นิยมมากขึ้น^[81]