Nel 1305, il nuovo Papa Clement V, con sede ad Avignon, in Francia, inviò lettere sia al Gran Maestro Templare Jacques de Molay che al Gran Maestro Hospitaller Fulk de Villarat per discutere della possibilità di fondere i due ordini. Né era suscettibile all'idea, ma Papa Clement persisteva, e nel 1306 invitò entrambi i grandi maestri in Francia a discutere della questione.
De Molay arrivò per primo all'inizio del 1307, ma De Villaret fu ritardato per diversi mesi. Durante l'attesa, De Molay e Clement hanno discusso delle accuse penali che erano state fatte due anni prima da un Templare estromesso e venivano discussi dal re Filippo IV di Francia e dai suoi ministri. È stato generalmente concordato che le accuse erano false, ma Clement ha inviato al re una richiesta scritta di assistenza nelle indagini. Secondo alcuni storici, il re Filippo, che era già profondamente in debito con i Templari dalla sua guerra contro l'Inghilterra, decise di impadronirsi delle voci per i suoi scopi. Ha iniziato a fare pressione sulla chiesa per agire contro l'ordine, come un modo per liberarsi dai suoi debiti.
All'alba di venerdì 13 ottobre 1307 - una data a volte erroneamente citata come l'origine delle storie popolari di venerdì 13 - il re Filippo IV ordinò de Molay e decine di altri templari francesi fossero contemporaneamente arrestati. Il mandato di arresto è iniziato con le parole: Dieu n'est Pas Content, Nous Avons des Ennemis de la Foi Dans le Royaume "(" Dio non è contento. Abbiamo nemici della fede nel regno "). Sono state fatte affermazioni che durante le cerimonie di ammissione Templar, le reclute furono costrette a sputare sulla croce, negare Cristo e impegnarsi in baci indecenti; I fratelli furono anche accusati di adorare idoli e si diceva che l'ordine avesse incoraggiato le pratiche omosessuali. Molte di queste accuse contengono tropi che portano somiglianze con le accuse contro altri gruppi perseguitati come ebrei, eretici e streghe accusate. Queste accuse, tuttavia, sono state altamente politicizzate senza prove reali. Tuttavia, i Templari sono stati accusati di numerosi altri reati come corruzione finanziaria, frode e segretezza. Molti degli accusati hanno confessato queste accuse sotto la tortura (anche se i Templari hanno negato di essere torturati nelle loro confessioni scritte) e le loro confessioni, anche se ottenute sotto coercizione, hanno causato uno scandalo aParigi . I prigionieri furono costretti a confessare di aver sputato sulla croce. Uno ha detto: 'Moi, Raymond de la Fère, 21 Ans, Reconnais Que J'ai Craché Trois Fois Sur La Croix, Mais de Bouche et pas de Cœur' ('Io, Raymond de la Fère, 21 anni, ammetto che ho spiato tre volte sulla croce, ma solo dalla mia bocca e non dal mio cuore'). I Templari furono accusati di idolatria e furono sospettati di adorare una figura nota come Baphomet o una testa mozzata mummificata che recuperavano, tra gli altri artefatti, nel loro quartier generale originale sul monte del tempio che molti studiosi teorizzano avrebbero potuto essere quello di Giovanni Battista, tra le altre cose.