Nel 1305, il nuovo Papa Clemente V, con sede ad Avignone, in Francia, inviò lettere sia al Gran Maestro Templare Jacques de Molay che al Gran Maestro Ospedaliero Fulk de Villaret per discutere la possibilità di unire i due ordini. Nessuno dei due era favorevole all'idea, ma papa Clemente persistette e nel 1306 invitò entrambi i Gran Maestri in Francia per discutere la questione.
De Molay arrivò per primo all'inizio del 1307, ma de Villaret fu ritardato di diversi mesi. Durante l'attesa, De Molay e Clemente discussero delle accuse penali che erano state mosse due anni prima da un Templare estromesso e venivano discusse dal re Filippo IV di Francia e dai suoi ministri. Era opinione generale che le accuse fossero false, ma Clemente inviò al re una richiesta scritta di assistenza nelle indagini. Secondo alcuni storici, il re Filippo, che era già profondamente in debito con i Templari a causa della sua guerra contro l'Inghilterra, decise di sfruttare le voci per i propri scopi. Iniziò a fare pressioni sulla chiesa affinché agisse contro l'ordine, come un modo per liberarsi dai suoi debiti.
All'alba di venerdì 13 ottobre 1307 - una data talvolta citata erroneamente come l'origine delle storie popolari su venerdì 13 - il re Filippo IV ordinò che de Molay e decine di altri Templari francesi fossero arrestati simultaneamente. Il mandato d'arresto iniziava con le parole: Dieu n'est pas content, nous avons des ennemis de la foi dans le Royaume" ("Dio non è contento. Abbiamo nemici della fede nel regno"). Nelle cerimonie di ammissione ai Templari, le reclute erano costrette a sputare sulla croce, negare Cristo e impegnarsi in baci indecenti; i fratelli erano anche accusati di adorare idoli e si diceva che l'ordine incoraggiasse pratiche omosessuali. Molte di queste accuse contengono tropi che presentano somiglianze alle accuse mosse contro altri gruppi perseguitati come ebrei, eretici e streghe accusate. Queste accuse, tuttavia, furono altamente politicizzate senza alcuna prova reale. Tuttavia, i Templari furono accusati di numerosi altri reati come corruzione finanziaria, frode e segretezza. Molti degli imputati confessarono queste accuse sotto tortura (anche se i Templari negarono di essere stati torturati nelle loro confessioni scritte), e le loro confessioni, anche se ottenute sotto costrizione, provocarono uno scandalo aParigi . I prigionieri furono costretti a confessare di aver sputato sulla croce. Uno diceva: "Moi, Raymond de La Fère, 21 ans, reconnais que j'ai craché trois fois sur la Croix, mais de bouche et pas de cœur" ("Io, Raymond de La Fère, 21 anni, ammetto che io ho sputato tre volte sulla croce, ma solo dalla mia bocca e non dal mio cuore"). I Templari furono accusati di idolatria e sospettati di adorare una figura conosciuta come Baphomet o una testa mozzata mummificata che recuperarono, tra gli altri manufatti, nella loro sede originale sul Monte del Tempio che molti studiosi teorizzano potrebbe essere stata quella di Giovanni Battista, tra le altre cose.