سلسله صفویه ، که از 1501 تا 1722 با بازسازی مختصری از 1729 تا 1736 حکومت می کرد، اغلب به عنوان آغاز تاریخ مدرن ایران تلقی می شود.آنها مکتب دوازده امامی شیعه را به عنوان مذهب دولتی، رویدادی محوری در تاریخ مسلمانان، تأسیس کردند.صفویان در اوج خود، ایران، آذربایجان ، ارمنستان ، گرجستان ، بخش‌هایی از قفقاز، عراق ، کویت، افغانستان و بخش‌هایی از ترکیه ، سوریه، پاکستان ، ترکمنستان و ازبکستان را تحت کنترل داشتند و آنها را به یکی از مهم‌ترین باروت‌های اسلامی تبدیل کردند. امپراتوری ها» در کنار امپراتوری های عثمانی و مغول .^[44]سلسله صفوی که توسط اسماعیل اول، که پس از تصرف تبریز در سال 1501، شاه اسماعیل شد ^[45] تأسیس شد، در جنگ قدرتی که پس از فروپاشی کارا کویونلوها و آق قویونلوها در ایران رخ داد، پیروز شد.اسماعیل به سرعت حکومت خود را بر سراسر ایران تثبیت کرد.عصر صفویه شاهد تحولات اداری، فرهنگی و نظامی قابل توجهی بود.حاکمان این سلسله، به ویژه شاه عباس اول، اصلاحات نظامی اساسی را با کمک کارشناسان اروپایی مانند رابرت شرلی انجام دادند، روابط تجاری را با قدرت های اروپایی تقویت کردند و معماری و فرهنگ ایرانی را احیا کردند.شاه عباس اول همچنین سیاست تبعید و اسکان تعداد زیادی از چرکس‌ها، گرجی‌ها و ارمنی‌ها را در داخل ایران دنبال کرد، تا حدی برای کاهش قدرت نخبگان قبیله‌ای قزلباش.^[46]با این حال، بسیاری از حاکمان صفوی پس از عباس اول، کارایی کمتری داشتند و به فعالیت‌های فراغت و بی‌توجهی به امور دولتی می‌پرداختند که منجر به زوال این سلسله شد.این کاهش با فشارهای خارجی، از جمله حملات قدرت های همسایه، تشدید شد.در سال 1722، میر ویس خان، یکی از رهبران پشتون غیلزی، در قندهار قیام کرد و پتر کبیر روسیه از هرج و مرج برای تصرف سرزمین های ایران بهره برد.ارتش افغانستان به رهبری محمود پسر میر ویس اصفهان را تصرف کرد و حکومت جدیدی را اعلام کرد.سلسله صفویه عملاً در میان این آشفتگی پایان یافت و در سال 1724، بر اساس عهدنامه قسطنطنیه، سرزمین های ایران بین عثمانی ها و روس ها تقسیم شد.^[47] خصلت شیعه معاصر ایران و بخش‌های قابل توجهی از مرزهای کنونی ایران از این دوران سرچشمه می‌گیرد.قبل از ظهور امپراتوری صفوی، اسلام سنی مذهب غالب بود و حدود 90 درصد از جمعیت آن زمان را تشکیل می داد.^[53] در قرون 10 و 11، فاطمیان داعیان اسماعیلیه (مبلغان) را به ایران و دیگر سرزمین های مسلمان فرستادند.زمانی که اسماعیلیان به دو فرقه تقسیم شدند، نزاریان پایگاه خود را در ایران تأسیس کردند.پس از حمله مغول در سال 1256 و سقوط عباسیان، سلسله مراتب سنی متزلزل شد.آنها نه تنها خلافت را از دست دادند، بلکه مقام مذهب رسمی را نیز از دست دادند.ضرر آنها به دست آوردن شیعیان بود که در آن زمان مرکزشان در ایران نبود.تغییر اصلی در اوایل قرن شانزدهم رخ داد، زمانی که اسماعیل اول سلسله صفویه را تأسیس کرد و سیاست مذهبی را برای به رسمیت شناختن اسلام شیعه به عنوان مذهب رسمی امپراتوری صفوی آغاز کرد و این واقعیت که ایران امروزی به طور رسمی شیعه باقی مانده است. ite state نتیجه مستقیم اقدامات اسماعیل است.به گفته مرتضی مطهری اکثریت علما و توده های ایرانی تا زمان صفویان اهل سنت بودند.