خلافت فاطمی ، یک سلسله شیعه اسماعیلی، از قرن دهم تا دوازدهم میلادی وجود داشت.این نام به نام فاطمه دختر پیامبر اسلام حضرتمحمد و همسرش علی بن ابی طالب گرفته شده است.فاطمیان توسط جوامع مختلف اسماعیلی و دیگر فرقه های مسلمان به رسمیت شناخته شدند.^[87] حکومت آنها از غرب مدیترانه تا دریای سرخ، شامل شمال آفریقا، بخش هایی از مغرب، سیسیل، شام و حجاز گسترش یافت.دولت فاطمی بین سالهای 902 تا 909 میلادی به رهبری ابوعبدالله تأسیس شد.او اقلابید افریقیه را فتح کرد و راه خلافت را هموار کرد.^[88] عبدالله المهدی بالله که به عنوان امام شناخته شد، در سال 909 میلادی اولین خلیفه شد.^[89] در ابتدا، المهدیه به عنوان پایتخت، در سال 921 پس از میلاد تاسیس شد، سپس در سال 948 میلادی به المنصوریه نقل مکان کرد.در زمان سلطنت المعز، مصر در سال 969 میلادی فتح شد و قاهره به عنوان پایتخت جدید در سال 973 میلادی تأسیس شد.مصر به قلب فرهنگی و مذهبی امپراتوری تبدیل شد و فرهنگ منحصر به فرد عربی را پرورش داد.^[90]خلافت فاطمی به تساهل مذهبی خود نسبت به مسلمانان، یهودیان و مسیحیان غیر شیعه معروف بود ^[91] ، اگرچه در تلاش بود تا مردم مصر را به عقاید خود تبدیل کند.^[92] در دوران حکومت العزیز و حکیم، و به ویژه در زمان المستنصر، خلافت شاهد بود که خلفا کمتر درگیر امور دولتی شدند و وزیران قدرت بیشتری کسب کردند.^[93] دهه 1060 یک جنگ داخلی را به همراه داشت که به دلیل اختلافات سیاسی و قومی در ارتش ایجاد شد و امپراتوری را تهدید کرد.^[94]علیرغم احیای کوتاهی در زمان وزیر بدر الجمالی، خلافت فاطمی در اواخر قرن یازدهم و دوازدهم کاهش یافت، ^[95] توسط ترکان سلجوقی در سوریه و صلیبیون در شام تضعیف شد.^[94] در سال 1171 پس از میلاد، صلاح الدین حکومت فاطمیان را لغو کرد، سلسله ایوبیان را تأسیس کرد و مصر را مجدداً در اختیار خلافت عباسی قرار داد.^[96]