ระหว่างปี 1258 ถึง 1291 ภูมิภาคนี้เผชิญกับความวุ่นวายเนื่องจากเป็นพรมแดนระหว่าง ผู้รุกรานชาวมองโกล ซึ่งบางครั้งก็เป็นพันธมิตรกับ พวกครูเสด และมัมลุกส์ แห่งอียิปต์ความขัดแย้งนี้นำไปสู่การลดจำนวนประชากรลงอย่างมากและความยากลำบากทางเศรษฐกิจมัมลุกส์ส่วนใหญ่มีเชื้อสายตุรกี และซื้อมาตอนเด็กๆ จากนั้นจึงฝึกทำสงครามพวกเขาเป็นนักรบที่ได้รับการยกย่องอย่างสูง ซึ่งทำให้ผู้ปกครองมีอิสรภาพจากชนชั้นสูงในท้องถิ่นในอียิปต์ พวกเขาเข้าควบคุมอาณาจักรหลังจากการรุกรานโดยพวกครูเซดที่ล้มเหลว (สงครามครูเสดครั้งที่เจ็ด)พวกมัมลุกส์เข้าควบคุมในอียิปต์และขยายการปกครองไปยังปาเลสไตน์Qutuz สุลต่านมัมลุคคนแรก เอาชนะมองโกลในยุทธการที่ Ain Jalut แต่ถูก Baibars ลอบสังหาร ซึ่งสืบทอดต่อจากเขาและกำจัดด่านหน้าของ Crusader ส่วนใหญ่ได้มัมลุกส์ปกครองปาเลสไตน์จนถึงปี 1516 โดยถือว่าปาเลสไตน์เป็นส่วนหนึ่งของซีเรียในเมืองเฮบรอน ชาวยิวต้องเผชิญกับข้อจำกัดที่ถ้ำผู้เฒ่าซึ่งเป็นสถานที่สำคัญในศาสนายิว ซึ่งเป็นข้อจำกัดที่ยังคงมีอยู่จนกระทั่งสงครามหกวัน^[146]Al-Ashraf Khalil สุลต่านมัมลุค ยึดฐานที่มั่นสุดท้ายของสงครามครูเสดในปี 1291 มัมลุกส์ยังคงดำเนินนโยบาย Ayyubid ต่อไป ทำลายพื้นที่ชายฝั่งทางยุทธศาสตร์ตั้งแต่เมือง Tyre ไปจนถึงฉนวนกาซา เพื่อป้องกันการโจมตีทางทะเลของ Crusader ที่อาจเกิดขึ้นความหายนะนี้นำไปสู่การลดจำนวนประชากรในระยะยาวและเศรษฐกิจตกต่ำในพื้นที่เหล่านี้^[147]ชุมชนชาวยิวในปาเลสไตน์ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้งด้วยการหลั่งไหลของชาวยิวดิกดิกที่หลั่งไหลเข้ามาหลังจากการถูกไล่ออกจากสเปน ในปี ค.ศ. 1492 และการประหัตประหารใน โปรตุเกส ในปี ค.ศ. 1497 ภายใต้การปกครองของมัมลุคและต่อมา ออตโตมัน ชาวยิวดิกเหล่านี้ตั้งถิ่นฐานอย่างเด่นชัดในเขตเมือง เช่น ซาเฟด และเยรูซาเลม ซึ่งตรงกันข้ามกับ ชุมชนชาวยิว Musta'arbi ในชนบทส่วนใหญ่^[148]