Dinastia Khwarazmian, stabilită în Iran, a durat doar până la invazia mongolă sub Genghis Khan .Până în 1218, Imperiul Mongol în expansiune rapidă se învecina cu teritoriul Khwarazmian.Ala ad-Din Muhammad, conducătorul Khwarazmian, și-a extins tărâmul în cea mai mare parte a Iranului și s-a declarat șah, cerând recunoaștere de la califul abbasid Al-Nasir, care a fost refuzat.Invazia mongolă a Iranului a început în 1219 după ce misiunile sale diplomatice la Khwarezm au fost masacrate.Invazia a fost brutală și cuprinzătoare;orașe mari precum Bukhara, Samarkand, Herat, Tus și Nishapur au fost distruse, iar populațiile lor au fost masacrate.Ala ad-Din Muhammad a fugit și în cele din urmă a murit pe o insulă din Marea Caspică.În timpul acestei invazii, mongolii au folosit tehnici militare avansate, inclusiv utilizarea de unități de catapultă chineze și, eventual, bombe de praf de pușcă.Soldații chinezi, pricepuți în tehnologia prafului de pușcă, făceau parte din armata mongolă.Cucerirea mongolă se crede că a introdus arme chinezești cu praf de pușcă, inclusiv huochong (un mortar), în Asia Centrală.Literatura locală ulterioară a descris arme cu praf de pușcă similare cu cele folosite înChina .Invazia mongolă, care a culminat cu moartea lui Genghis Khan în 1227, a fost devastatoare pentru Iran.A dus la distrugeri semnificative, inclusiv jefuirea orașelor din vestul Azerbaidjanului .Mongolii, deși s-au convertit mai târziu la islam și s-au asimilat în cultura iraniană, au provocat daune ireparabile.Ei au distrus secole de studii islamice, cultură și infrastructură, distrugând orașe, arzând biblioteci și înlocuind moscheile cu temple budiste în unele zone.^[38]Invazia a avut, de asemenea, un impact catastrofal asupra vieții civile iraniene și asupra infrastructurii țării.Distrugerea sistemelor de irigare qanat, în special în nord-estul Iranului, a perturbat tiparul așezărilor, ducând la abandonarea multor orașe agricole cândva prospere.^[39]După moartea lui Genghis Khan, Iranul a fost guvernat de diverși comandanți mongoli.Hulagu Khan, nepotul lui Genghis, a fost responsabil pentru extinderea în continuare a puterii mongole spre vest.La vremea lui, însă, Imperiul Mongol se fragmentase în diferite facțiuni.Hulagu a înființat Ilkhanatul în Iran, un stat separatist al Imperiului Mongol, care a domnit timp de optzeci de ani și a devenit din ce în ce mai persanizat.În 1258, Hulagu a pus mâna pe Bagdad și l-a executat pe ultimul calif abbasid.Expansiunea sa a fost oprită la bătălia de la Ain Jalut din Palestina în 1260 de către mameluci.În plus, campaniile lui Hulagu împotriva musulmanilor au provocat conflicte cu Berke, hanul musulman al Hoardei de Aur , evidențiind dezintegrarea unității mongole.Sub Ghazan (r. 1295–1304), strănepotul lui Hulagu, Islamul a fost stabilit ca religie de stat a Ilkhanatului.Ghazan, împreună cu vizirul său iranian Rashid al-Din, au inițiat o revigorare economică în Iran.Au redus taxele pentru artizani, au promovat agricultura, au restabilit lucrările de irigare și au sporit securitatea rutelor comerciale, ceea ce a dus la o creștere a comerțului.Aceste evoluții au facilitat schimburile culturale în Asia, îmbogățind cultura iraniană.Un rezultat notabil a fost apariția unui nou stil de pictură iraniană, îmbinând elemente artistice mesopotamiene și chinezești.Cu toate acestea, după moartea nepotului lui Ghazan, Abu Said, în 1335, Ilkhanatul a coborât în ​​război civil și s-a fragmentat în mai multe dinastii mai mici, inclusiv Jalayirizii, Muzaffarizii, Sarbadarii și Kartidii.Secolul al XIV-lea a fost, de asemenea, martorul impactului devastator al morții negre, care a ucis aproximativ 30% din populația Iranului.^[40]