Anul nașterii lui Temüjin este contestat, deoarece istoricii preferă date diferite: 1155, 1162 sau 1167. Unele tradiții plasează nașterea lui în Anul Porcului, care a fost fie 1155, fie 1167. În timp ce datarea din 1155 este susținută de scrierile lui atât Zhao Hong, cât și Rashid al-Din, alte surse majore, cum ar fi Istoria lui Yuan și Shengwu favorizează anul 1162. Datarea din 1167, favorizată de Paul Pelliot, este derivată dintr-o sursă minoră - un text al artistului Yuan Yang Weizhen — dar este mai compatibil cu evenimentele din viața lui Genghis Khan decât o plasare din 1155, ceea ce implică că nu a avut copii decât după vârsta de treizeci de ani și a continuat să militeze activ până la al șaptelea deceniu. 1162 rămâne data cea mai acceptată; istoricul Paul Ratchnevsky notează că Temüjin însuși poate să nu fi știut adevărul. Locația nașterii lui Temüjin este dezbătută în mod similar: Istoria Secretă înregistrează locul său de naștere ca Delüün Boldog pe râul Onon, dar acesta a fost plasat fie la Dadal din provincia Khentii, fie în sudul Agin-Buryat Okrug, Rusia.
Temüjin s-a născut în clanul Borjigin al tribului mongol lui Yesügei, un căpetenie care pretindea că descendența legendarului bodonchar Munkhag și a soției sale principale Hö'elün, originară din clanul Olkhonud, pe care Yesügei îi răpise de la mirele ei Merkit, Chiledu. Originea numelui său de naștere este contestată: cele mai vechi tradiții susțin că tatăl său tocmai se întorsese dintr-o campanie de succes împotriva tătarilor cu un captiv pe nume Temüchin-uge, după care a numit nou-născutul în sărbătoarea victoriei sale, în timp ce tradițiile ulterioare evidențiați rădăcina temür (însemnând „fier”) și conectați-vă la teoriile conform cărora „Temüjin” înseamnă „fierar”. Yesügei și Hö'elün au avut trei fii mai mici după Temüjin: Qasar, Hachiun și Temüge, precum și o fiică, Temülen. Temüjin a mai avut doi frați vitregi, Behter și Belgutei, de la a doua soție a lui Yesügei, Sochigel, a căror identitate este incertă. Frații au crescut în tabăra principală a lui Yesugei de pe malul Ononului, unde au învățat să călărească pe cal și să tragă cu arcul.
Când Temüjin avea opt ani, Yesügei a decis să-l logodească cu o fată potrivită. Și-a dus moștenitorul pe pășunile prestigiosului trib Onggirat al lui Hö'elün, care se căsătorise cu mongolii în multe ocazii anterioare. Acolo, el a aranjat o logodnă între Temüjin și Börte, fiica unui căpetenie Onggirat pe nume Dei Sechen. Întrucât logodna însemna că Yesügei avea să câștige un aliat puternic, iar Börte a comandat un preț mare pentru mireasă, Dei Sechen a deținut o poziție mai puternică de negociere și a cerut ca Temüjin să rămână în casa lui pentru a-și plăti viitoarea datorie. Acceptând această condiție, Yesügei a cerut o masă de la o trupă de tătari pe care a întâlnit-o în timp ce călărea singur spre casă, bazându-se pe tradiția de stepă a ospitalității față de străini. Cu toate acestea, tătarii și-au recunoscut vechiul dușman și i-au strecurat otravă în mâncare. Yesügei s-a îmbolnăvit treptat, dar a reușit să se întoarcă acasă; aproape de moarte, el a cerut unui servitor de încredere numit Münglig să-l recupereze pe Temüjin de la Onggirat. A murit la scurt timp după.
La vârsta de opt ani, Temüjin a fost logodit de tatăl său Yesügei cu Börte, fiica șefului Onggirat, Dei Sechen, pentru a asigura o alianță prin căsătorie. Această unire a necesitat ca Temüjin să rămână cu familia Onggirat, îndeplinind obligațiile față de familia viitoarei sale mirese. În călătoria sa de întoarcere, Yesügei, otrăvit de tătarii pe care i-a întâlnit, abia a ajuns acasă înainte de a ceda otravă. Înainte de a muri, el a aranjat recuperarea lui Temüjin de la Onggirat printr-un servitor loial, Münglig.