Иранд байгуулагдсан Хоразмын хаант улс Чингис хааны үеийн Монголчуудын довтолгоон хүртэл үргэлжилсэн.1218 он гэхэд хурдацтай тэлж буй Монголын эзэнт гүрэн Хоразмын нутагтай хиллэдэг байв.Хоразмын захирагч Ала ад-Дин Мухаммед хаант улсаа Ираны ихэнх нутгаар тэлж, өөрийгөө шах хэмээн зарлаж, Аббасидын халиф Аль-Насираас хүлээн зөвшөөрөгдөхийг хүссэн боловч үүнийг үгүйсгэв.1219 онд түүний Хорезм дахь дипломат төлөөлөгчийн газруудыг хоморголон устгасны дараа монголчууд Иран руу довтлох ажиллагаа эхэлсэн.Халдлага нь харгис хэрцгий, өргөн цар хүрээтэй байсан;Бухара, Самарканд, Герат, Тус, Нишапур зэрэг томоохон хотуудыг устгаж, хүн амыг нь устгасан.Ала ад-Дин Мухаммед зугтаж, эцэст нь Каспийн тэнгис дэх арал дээр нас баржээ.Энэ довтолгооны үеэр монголчууд цэргийн дэвшилтэт арга техник, тэр дундаа хятадын катапультын анги, магадгүй дарьны бөмбөгийг ашигласан.Дарь зэвсгийн технологид мэргэшсэн хятад цэргүүд Монголын армийн бүрэлдэхүүнд багтаж байв.Монголчуудын байлдан дагуулал нь Хятадын дарь зэвсгийг тэр дундаа хуочонг (миномёт) Төв Азид нэвтрүүлсэн гэж үздэг.Дараачийн орон нутгийн уран зохиолдХятадад ашигладагтай төстэй дарь зэвсгийг дүрсэлсэн байдаг.1227 онд Чингис хаан нас барснаар өндөрлөсөн Монголчуудын довтолгоо Ираныг сүйрүүлсэн юм.Энэ нь баруун Азербайжан дахь хотуудыг дээрэмдэх зэрэг томоохон сүйрэлд хүргэв.Монголчууд хожим Исламын шашинд орж, Ираны соёлд ууссан ч нөхөж баршгүй их хохирол учруулсан.Тэд олон зуун жилийн Исламын шинжлэх ухаан, соёл, дэд бүтцийг устгаж, хотуудыг сүйтгэж, номын сангуудыг шатааж, зарим газарт лалын сүмүүдийг Буддын сүмээр сольсон.^[38]Халдлага Ираны иргэний амьдрал болон тус улсын дэд бүтцэд ч сүйрлийн нөлөө үзүүлсэн.Канат усалгааны систем, ялангуяа Ираны зүүн хойд хэсэгт сүйрсэн нь суурьшлын хэв маягийг эвдэж, нэгэн цагт цэцэглэн хөгжиж байсан хөдөө аж ахуйн олон хотыг орхиход хүргэсэн.^[39]Чингис хааныг нас барсны дараа Ираныг янз бүрийн монгол командлагч нар захирч байв.Чингисийн ач хүү Хүлэг хаан Монголын хүчийг баруун зүгт улам өргөжүүлэх үүрэгтэй байв.Гэвч түүний үед Монголын эзэнт гүрэн өөр өөр бүлэглэлд хуваагдсан байв.Хүлэгү Монголын эзэнт гүрнээс салан тусгаарласан Иран улсад Ил хаант улсыг байгуулж, наян жил захирч, улам бүр персжих болсон.1258 онд Хүлэгү Багдадыг эзлэн авч Аббасидын сүүлчийн халифыг цаазлав.Түүний тэлэлтийг 1260 онд Палестин дахь Айн Жалутын тулалдаанд Мамелюкууд зогсоосон.Түүнчлэн Хүлэгү лалын шашинтнуудын эсрэг хийсэн аян дайн нь Алтан Ордны Лалын хаан Бэрктэй зөрчилдөж, монголчуудын эв нэгдэл задран унасныг онцолсон юм.Хүлэгүгийн ач Газаны (1295–1304) үед Исламын шашин Ил хаант улсын төрийн шашин болон тогтжээ.Газан өөрийн Ираны сайд Рашид ад-Динтэй хамт Иранд эдийн засгийн сэргэлтийг эхлүүлсэн.Тэд гар урчуудын татварыг бууруулж, газар тариаланг дэмжиж, усалгааны ажлыг сэргээж, худалдааны замын аюулгүй байдлыг сайжруулж, худалдааны өсөлтөд хүргэв.Эдгээр хөгжил нь Ази даяар соёлын солилцоог хөнгөвчилж, Ираны соёлыг баяжуулсан.Онцлох үр дүн нь Месопотами , Хятадын уран сайхны элементүүдийг хослуулсан Ираны уран зургийн шинэ хэв маяг бий болсон явдал байв.Гэвч 1335 онд Газаны зээ хүү Абу Саид нас барсны дараа Ил хаант улс иргэний дайнд орж, Жалайырид, Музаффарид, Сарбадар, Картид зэрэг хэд хэдэн жижиг гүрнүүд болон хуваагджээ.14-р зуунд мөн Ираны хүн амын 30 орчим хувийг хөнөөсөн Хар үхлийн аймшигт нөлөөг гэрчилсэн.^[40]