Từ năm 1258 đến năm 1291, khu vực này phải đối mặt với tình trạng hỗn loạn khi là biên giới giữa quân xâm lược Mông Cổ , đôi khi liên minh với quân Thập tự chinh và quânMamluk củaAi Cập .Cuộc xung đột này dẫn đến giảm dân số đáng kể và khó khăn kinh tế.Người Mamluk chủ yếu có nguồn gốc từ Thổ Nhĩ Kỳ, được mua khi còn nhỏ và sau đó được huấn luyện chiến đấu.Họ là những chiến binh được đánh giá cao, những người đã mang lại cho những người cai trị sự độc lập của tầng lớp quý tộc bản địa.Tại Ai Cập, họ nắm quyền kiểm soát vương quốc sau một cuộc xâm lược thất bại của quân Thập tự chinh (Cuộc thập tự chinh thứ bảy).Người Mamluk nắm quyền kiểm soát ở Ai Cập và mở rộng quyền cai trị của họ sang Palestine.Mamluk Sultan đầu tiên, Qutuz, đã đánh bại quân Mông Cổ trong trận Ain Jalut, nhưng bị ám sát bởi Baibars, người kế vị ông và loại bỏ hầu hết các tiền đồn của quân Thập tự chinh.Người Mamluk cai trị Palestine cho đến năm 1516, coi đây là một phần của Syria.Tại Hebron, người Do Thái phải đối mặt với những hạn chế tại Hang Tổ phụ, một địa điểm quan trọng trong đạo Do Thái, một hạn chế vẫn tồn tại cho đến Chiến tranh Sáu ngày.^[146]Al-Ashraf Khalil, một sultan Mamluk, đã chiếm được thành trì cuối cùng của quân Thập tự chinh vào năm 1291. Người Mamluk, tiếp tục các chính sách của Ayyubid, đã phá hủy một cách chiến lược các vùng ven biển từ Tyre đến Gaza để ngăn chặn các cuộc tấn công tiềm tàng trên biển của quân Thập tự chinh.Sự tàn phá này đã dẫn đến sự suy giảm dân số và suy thoái kinh tế lâu dài ở những khu vực này.^[147]Cộng đồng Do Thái ở Palestine chứng kiến ​​sự trẻ hóa với làn sóng người Do Thái Sephardic sau khi họ bị trục xuất khỏiTây Ban Nha vào năm 1492 và bị đàn áp ở Bồ Đào Nha vào năm 1497. Dưới sự cai trị của Mamluk và sau đó là Ottoman , những người Do Thái Sephardic này chủ yếu định cư ở các khu vực thành thị như Safed và Jerusalem, trái ngược với cộng đồng Do Thái ở Palestine. chủ yếu là cộng đồng Do Thái Musta'arbi ở nông thôn.^[148]