خوارزمیاں خاندان، جو ایران میں قائم ہوا، صرف چنگیز خان کے دور میں منگول کے حملے تک قائم رہا۔1218 تک، تیزی سے پھیلتی ہوئی منگول سلطنت خوارزمیہ کے علاقے سے متصل تھی۔خوارزمیہ کے حکمران علاء الدین محمد نے اپنے دائرہ کار کو ایران کے بیشتر حصوں میں پھیلا دیا تھا اور عباسی خلیفہ النصیر سے تسلیم کرنے کے لیے خود کو شاہ قرار دیا تھا، جس سے انکار کر دیا گیا تھا۔ایران پر منگول حملہ 1219 میں خوارزم میں ان کے سفارتی مشنوں کے قتل عام کے بعد شروع ہوا۔حملہ سفاکانہ اور جامع تھا۔بخارا، سمرقند، ہرات، طوس اور نیشاپور جیسے بڑے شہروں کو تباہ کیا گیا اور ان کی آبادیوں کا قتل عام کیا گیا۔علاء الدین محمد بھاگ گیا اور بالآخر بحیرہ کیسپین کے ایک جزیرے پر مر گیا۔اس حملے کے دوران، منگولوں نے جدید فوجی تکنیکوں کا استعمال کیا، بشمول چینی کیٹپلٹ یونٹس اور ممکنہ طور پر بارود کے بموں کا استعمال۔چینی فوجی، جو بارود کی ٹیکنالوجی میں ماہر تھے، منگول فوج کا حصہ تھے۔خیال کیا جاتا ہے کہ منگول فتح نے چینی گن پاؤڈر ہتھیاروں کو متعارف کرایا، بشمول ہووچونگ (ایک مارٹر)، وسطی ایشیا میں۔اس کے بعد کے مقامی لٹریچر میںچین میں استعمال ہونے والے گن پاؤڈر ہتھیاروں کی تصویر کشی کی گئی ہے۔منگول حملہ، جو 1227 میں چنگیز خان کی موت پر منتج ہوا، ایران کے لیے تباہ کن تھا۔اس کے نتیجے میں اہم تباہی ہوئی، بشمول مغربی آذربائیجان کے شہروں کی لوٹ مار۔منگولوں نے، بعد میں اسلام قبول کرنے اور ایرانی ثقافت میں شامل ہونے کے باوجود، ناقابل تلافی نقصان پہنچایا۔انہوں نے صدیوں پر محیط اسلامی اسکالرشپ، ثقافت اور بنیادی ڈھانچے کو تباہ کر دیا، شہروں کو مسمار کر دیا، کتب خانوں کو جلا دیا، اور کچھ علاقوں میں مساجد کو بدھ مندروں سے بدل دیا۔^[38]اس حملے کا ایرانی شہری زندگی اور ملک کے بنیادی ڈھانچے پر بھی تباہ کن اثرات مرتب ہوئے۔قنات آبپاشی کے نظام کی تباہی نے، خاص طور پر شمال مشرقی ایران میں، بستیوں کے انداز میں خلل ڈالا، جس کے نتیجے میں بہت سے خوشحال زرعی قصبوں کو ترک کر دیا گیا۔^[39]چنگیز خان کی موت کے بعد، ایران پر مختلف منگول کمانڈروں کی حکومت تھی۔ہلاگو خان، چنگیز کا پوتا، منگول طاقت کی مزید مغرب کی طرف توسیع کا ذمہ دار تھا۔تاہم، اس کے وقت تک، منگول سلطنت مختلف دھڑوں میں بٹ چکی تھی۔ہلاگو نے ایران میں الخانیت قائم کی، جو منگول سلطنت کی ایک الگ ریاست تھی، جس نے اسی سال حکومت کی اور تیزی سے فارسی بن گئی۔1258 میں ہلاگو نے بغداد پر قبضہ کیا اور آخری عباسی خلیفہ کو پھانسی دے دی۔اس کی توسیع کو 1260 میں فلسطین میں عین جالوت کی جنگ میں Mamelukes کے ذریعہ روک دیا گیا تھا۔مزید برآں، مسلمانوں کے خلاف ہلاگو کی مہمات نے گولڈن ہارڈ کے مسلمان خان برکے کے ساتھ تنازعہ پیدا کیا، جس نے منگول اتحاد کے ٹوٹنے کو اجاگر کیا۔غزن (r. 1295-1304) کے تحت، ہلاگو کے پڑپوتے، اسلام کو الخانیت کے ریاستی مذہب کے طور پر قائم کیا گیا۔غازان نے اپنے ایرانی وزیر راشد الدین کے ساتھ مل کر ایران میں اقتصادی بحالی کا آغاز کیا۔انہوں نے کاریگروں کے لیے ٹیکس کم کیے، زراعت کو فروغ دیا، آبپاشی کے کاموں کو بحال کیا، اور تجارتی راستے کی حفاظت کو بڑھایا، جس سے تجارت میں اضافہ ہوا۔ان پیش رفت نے پورے ایشیا میں ثقافتی تبادلوں کو سہولت فراہم کی، ایرانی ثقافت کو تقویت بخشی۔ایک قابل ذکر نتیجہ ایرانی مصوری کے ایک نئے انداز کا ابھرنا تھا، جس میں میسوپوٹیمیا اور چینی فنکارانہ عناصر کو ملایا گیا تھا۔تاہم، 1335 میں غازان کے بھتیجے ابو سعید کی موت کے بعد، الخانیت خانہ جنگی میں اتری اور کئی چھوٹے خاندانوں میں بٹ گئی، جن میں جالیری، مظفر، سربدار، اور کارتید شامل ہیں۔14ویں صدی میں بھی بلیک ڈیتھ کے تباہ کن اثرات کا مشاہدہ کیا گیا، جس نے ایران کی تقریباً 30 فیصد آبادی کو ہلاک کر دیا۔^[40]