ราชวงศ์ควาราซเมียนซึ่งสถาปนาในอิหร่าน ดำรงอยู่จนกระทั่งการรุกรานมองโกลภายใต้ เจงกีสข่านภายในปี 1218 จักรวรรดิมองโกลที่ขยายตัวอย่างรวดเร็วติดกับดินแดนควาราซเมียนอะลา อัด-ดิน มูฮัมหมัด ผู้ปกครองควาราซเมียน ได้ขยายอาณาจักรของเขาไปทั่วพื้นที่ส่วนใหญ่ของอิหร่านและประกาศตัวเป็นชาห์ โดยแสวงหาการยอมรับจากคอลีฟะห์ อับบาซิ ด อัล-นาซีร์ ซึ่งถูกปฏิเสธการรุกรานอิหร่านของชาวมองโกลเริ่มขึ้นในปี 1219 หลังจากที่ภารกิจทางการทูตของเขาไปยัง Khwarezm ถูกสังหารหมู่การรุกรานครั้งนี้โหดร้ายและครอบคลุมเมืองใหญ่ๆ เช่น บูคารา ซามาร์คันด์ เฮรัต ตุส และนิชาปูร์ ถูกทำลาย และประชากรของพวกเขาถูกสังหารหมู่Ala ad-Din Muhammad หนีไปและเสียชีวิตบนเกาะแห่งหนึ่งในทะเลแคสเปียนในที่สุดในระหว่างการรุกรานครั้งนี้ ชาวมองโกลใช้เทคนิคทางทหารขั้นสูง รวมถึงการใช้เครื่องยิงของจีนและอาจเป็นระเบิดดินปืนทหารจีนที่เชี่ยวชาญด้านเทคโนโลยีดินปืนเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพมองโกลเชื่อกันว่าการพิชิตของชาวมองโกลได้นำอาวุธดินปืนของจีน รวมถึงฮั่วชง (ครก) มาสู่เอเชียกลางวรรณกรรมท้องถิ่นฉบับต่อมากล่าวถึงอาวุธดินปืนที่คล้ายกับที่ใช้ในประเทศจีนการรุกรานของมองโกลซึ่งถึงจุดสุดยอดคือการเสียชีวิตของเจงกีสข่านในปี 1227 สร้างความหายนะให้กับอิหร่านส่งผลให้เกิดการทำลายล้างครั้งใหญ่ รวมถึงการปล้นสะดมเมืองต่างๆ ทางตะวันตก ของอาเซอร์ไบจานแม้ว่าชาวมองโกลจะเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลามและหลอมรวมเข้ากับวัฒนธรรมอิหร่านในเวลาต่อมา แต่ก็สร้างความเสียหายที่ไม่อาจแก้ไขได้พวกเขาทำลายทุนการศึกษา วัฒนธรรม และโครงสร้างพื้นฐานของศาสนาอิสลามมานานหลายศตวรรษ ทำลายเมือง เผาห้องสมุด และเปลี่ยนมัสยิดเป็นวัด พุทธ ในบางพื้นที่^[38]การบุกรุกยังส่งผลกระทบร้ายแรงต่อชีวิตพลเรือนชาวอิหร่านและโครงสร้างพื้นฐานของประเทศการทำลายระบบชลประทานของ Qanat โดยเฉพาะอย่างยิ่งในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของอิหร่าน ได้ขัดขวางรูปแบบการตั้งถิ่นฐาน นำไปสู่การละทิ้งเมืองเกษตรกรรมที่ครั้งหนึ่งเคยเจริญรุ่งเรืองหลายแห่ง^[39]หลังจากเจงกีสข่านเสียชีวิต อิหร่านถูกปกครองโดยผู้บัญชาการมองโกลหลายคนฮูลากู ข่าน หลานชายของเจงกีส มีหน้าที่รับผิดชอบในการขยายอำนาจมองโกลไปทางตะวันตกอย่างไรก็ตาม เมื่อถึงเวลาของเขา จักรวรรดิมองโกลก็แตกออกเป็นฝ่ายต่างๆฮูลากูสถาปนา อิลคาเนท ในอิหร่าน ซึ่งเป็นรัฐที่แยกตัวออกจากจักรวรรดิมองโกล ซึ่งปกครองมาแปดสิบปีและกลายเป็นเปอร์เซียมากขึ้นในปี 1258 ฮูลากูยึดกรุงแบกแดดและสังหารคอลีฟะฮ์อับบาซิยะห์คนสุดท้ายการขยายตัวของเขาถูกระงับที่ยุทธการที่ Ain Jalut ในปาเลสไตน์ในปี 1260 โดย Mamelukesนอกจากนี้ การรณรงค์ต่อต้านชาวมุสลิมของ Hulagu ยังก่อให้เกิดความขัดแย้งกับ Berke ซึ่งเป็นข่านมุสลิมแห่ง Golden Horde โดยเน้นย้ำถึงการล่มสลายของเอกภาพมองโกลภายใต้การปกครองของฆอซาน (ค.ศ. 1295–1304) หลานชายของฮูลากู ศาสนาอิสลามได้รับการสถาปนาให้เป็นศาสนาประจำชาติของกลุ่มอิลคาเนทGhazan พร้อมด้วยราชมนตรีชาวอิหร่าน Rashid al-Din ได้ริเริ่มการฟื้นฟูเศรษฐกิจในอิหร่านพวกเขาลดภาษีสำหรับช่างฝีมือ ส่งเสริมการเกษตร ฟื้นฟูงานชลประทาน และเพิ่มความปลอดภัยในเส้นทางการค้า นำไปสู่กระแสการค้าที่เพิ่มขึ้นการพัฒนาเหล่านี้อำนวยความสะดวกในการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมทั่วเอเชีย เสริมสร้างวัฒนธรรมอิหร่านผลลัพธ์ที่โดดเด่นคือการเกิดขึ้นของภาพวาดอิหร่านรูปแบบใหม่ โดยผสมผสานองค์ประกอบทางศิลปะ เมโสโปเตเมีย และจีนเข้าด้วยกันอย่างไรก็ตาม หลังจากการตายของ Abu ​​Said หลานชายของ Ghazan ในปี 1335 พวก Ilkhanate ก็เข้าสู่สงครามกลางเมืองและแตกออกเป็นราชวงศ์เล็กๆ หลายแห่ง รวมถึง Jalayirids, Muzaffarids, Sarbadars และ Kartidsศตวรรษที่ 14 ยังได้เห็นผลกระทบร้ายแรงจากกาฬโรค ซึ่งคร่าชีวิตประชากรอิหร่านไปประมาณ 30%^[40]