ในปีพ.ศ. 2439 ฝรั่งเศส และ จักรวรรดิอังกฤษ ลงนามในข้อตกลงเพื่อรับรองขอบเขตอิทธิพลเหนืออินโดจีนของกันและกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเหนือ สยามภายใต้ข้อตกลงนี้ สยามต้องยกจังหวัดพระตะบองกลับไปเป็นกัมพูชาที่ฝรั่งเศสควบคุมอยู่ในปัจจุบันข้อตกลงดังกล่าวยอมรับการควบคุมของฝรั่งเศสเหนือ เวียดนาม (รวมถึงอาณานิคมโคชินไชนาและอารักขาของอันนัมและตังเกี๋ย) กัมพูชา และ ลาว ซึ่งเพิ่มเข้ามาในปี พ.ศ. 2436 หลังชัยชนะของฝรั่งเศสในสงครามฝรั่งเศส-สยาม และอิทธิพลของฝรั่งเศสเหนือสยามตะวันออกต่อมารัฐบาลฝรั่งเศสยังได้ตั้งตำแหน่งบริหารใหม่ในอาณานิคมและเริ่มพัฒนาอาณานิคมในเชิงเศรษฐกิจพร้อมทั้งแนะนำวัฒนธรรมและภาษาฝรั่งเศสแก่คนในท้องถิ่นโดยเป็นส่วนหนึ่งของโครงการดูดกลืน^[81]พ.ศ. 2440 นายพลประจำถิ่นปกครองได้ร้องเรียนต่อปารีสว่ากษัตริย์นโรดมกษัตริย์องค์ปัจจุบันของกัมพูชาไม่เหมาะที่จะปกครองอีกต่อไป และได้ขออนุญาตขึ้นรับอำนาจของกษัตริย์ในการเก็บภาษี ออกพระราชกฤษฎีกา กระทั่งแต่งตั้งข้าราชการและเลือกมงกุฎ เจ้าชายตั้งแต่นั้นมา พระนโรดมและกษัตริย์ในอนาคตของกัมพูชาทรงเป็นเพียงหุ่นเชิดและเป็นเพียงผู้อุปถัมภ์ศาสนาพุทธในกัมพูชาเท่านั้น แม้ว่าชาวนาจะยังคงมองว่าพวกเขาเป็นกษัตริย์พระเจ้าก็ตามอำนาจอื่นๆ ทั้งหมดอยู่ในมือของนายพลประจำถิ่นและระบบราชการในอาณานิคมระบบราชการนี้ก่อตั้งขึ้นโดยเจ้าหน้าที่ฝรั่งเศสเป็นส่วนใหญ่ และชาวเอเชียเพียงกลุ่มเดียวที่ได้รับอนุญาตอย่างเสรีให้เข้าร่วมในรัฐบาลคือกลุ่มชาติพันธุ์เวียดนาม ซึ่งถูกมองว่าเป็นชาวเอเชียที่มีอำนาจเหนือกว่าในสหภาพอินโดจีน