Wybuch wojny na Pacyfiku w grudniu 1941 roku zastał Brytyjczyków na Malajach zupełnie nieprzygotowanych.W latach trzydziestych XX wieku, spodziewając się rosnącego zagrożenia ze strony japońskiej potęgi morskiej, zbudowali wielką bazę morską w Singapurze , ale nigdy nie spodziewali się inwazji na Malaje z północy.Na Dalekim Wschodzie praktycznie nie było brytyjskich możliwości lotniczych.W ten sposóbJapończycy mogli bezkarnie atakować ze swoich baz we francuskich Indochinach i pomimo oporu sił brytyjskich, australijskich iindyjskich w ciągu dwóch miesięcy zajęli Malaje.Singapur, pozbawiony obrony lądowej, osłony powietrznej i zaopatrzenia w wodę, został zmuszony do kapitulacji w lutym 1942 r. Okupowane były także Brytyjskie Północne Borneo i Brunei.Japoński rząd kolonialny traktował Malajów z panazjatyckiego punktu widzenia i wspierał ograniczoną formę malajskiego nacjonalizmu.Malajski nacjonalista Kesatuan Melayu Muda, zwolennicy Melayu Raya, współpracował z Japończykami, opierając się na założeniu, że Japonia zjednoczy Holenderskie Indie Wschodnie, Malaje i Borneo i zapewni im niepodległość.^[80] Okupanci uważali jednakChińczyków za wrogich kosmitów i traktowali ich z wielką surowością: podczas tzw. sook ching (oczyszczenia przez cierpienie) na Malajach i Singapurze zginęło do 80 000 Chińczyków.Chińczycy pod przywództwem Malajskiej Partii Komunistycznej (MCP) stali się podstawą Antyjapońskiej Armii Ludowo-Malajskiej (MPAJA).Dzięki pomocy brytyjskiej MPAJA stała się najskuteczniejszą siłą oporu w okupowanych krajach azjatyckich.Chociaż Japończycy argumentowali, że popierają nacjonalizm malajski, obrazili nacjonalizm malajski, pozwalając swojemu sojusznikowi Tajlandii na ponowną aneksję czterech północnych stanów: Kedah, Perlis, Kelantan i Terengganu, które zostały przeniesione do Malajów Brytyjskich w 1909 roku. rynki eksportowe wkrótce wywołały masowe bezrobocie, które dotknęło wszystkie rasy i sprawiło, że Japończycy stali się coraz bardziej niepopularni.^[81]