در سال 332 قبل از میلاد، اسکندر مقدونی این منطقه را به عنوان بخشی از لشکرکشی خود علیه امپراتوری ایران فتح کرد.پس از مرگ او در سال 322 پیش از میلاد، سردارانش امپراتوری را تقسیم کردند و یهودیه به منطقه مرزی بین امپراتوری سلوکی و پادشاهی بطلمیوسی درمصر تبدیل شد.پس از یک قرن حکومت بطلمیوسی، یهودیه در سال 200 قبل از میلاد در نبرد پانیوم توسط امپراتوری سلوکی فتح شد.حاکمان هلنیستی عموماً به فرهنگ یهودی احترام می گذاشتند و از نهادهای یهودی محافظت می کردند.^[88] یهودیه توسط دفتر موروثی کاهن اعظم اسرائیل به عنوان یک رعیت هلنیستی اداره می شد.با این وجود، منطقه تحت یک فرآیند هلنی شدن قرار گرفت، که تنش ها را بین یونانیان ، یهودیان یونانی شده و یهودیان متعصب افزایش داد.این تنش ها به درگیری هایی تبدیل شد که شامل جنگ قدرت برای مقام کشیش اعظم و شخصیت شهر مقدس اورشلیم بود.^[89]هنگامی که آنتیوخوس چهارم اپیفانس معبد را تقدیس کرد، اعمال یهودی را ممنوع کرد و هنجارهای هلنیستی را به زور بر یهودیان تحمیل کرد، چندین قرن تساهل مذهبی تحت کنترل هلنیستی به پایان رسید.در سال 167 قبل از میلاد، پس از آن که ماتاتیاس، کشیش یهودی از تبار هامونی، یک یهودی هلنیزه شده و یک مقام سلوکی را که در قربانی برای خدایان یونانی در مدیین شرکت داشتند، کشت، شورش مکابیان شروع شد.پسرش یهودا مکابئوس سلوکیان را در چندین نبرد شکست داد و در سال 164 قبل از میلاد اورشلیم را تصرف کرد و عبادت معبد را بازسازی کرد، رویدادی که در جشن یهودی هانوکا به یادگار مانده بود.^[90]پس از مرگ یهودا، برادرانش جاناتان آپوس و سیمون تاسی توانستند با سرمایه گذاری از زوال امپراتوری سلوکی در نتیجه بی ثباتی داخلی و جنگ با اشکانیان، و با ایجاد روابط با خیزش، یک دولت تابع هامونی را در یهودیه تأسیس و تحکیم کنند. جمهوری رومرهبر هامونی جان هیرکانوس توانست استقلال پیدا کند و قلمروهای یهودیه را دو برابر کند.او کنترل ادومه را در دست گرفت، جایی که ادومیان را به یهودیت گروید، و به اسکیتوپولیس و سامره حمله کرد و در آنجا معبد سامری را ویران کرد.^[91] هیرکان همچنین اولین رهبر هامونی بود که سکه ضرب کرد.در زمان پسرانش، پادشاهان اریستوبولوس اول و اسکندر جانائوس، یهودیه هامونی به یک پادشاهی تبدیل شد و قلمروهای آن همچنان به گسترش خود ادامه دادند و اکنون دشت ساحلی، جلیل و بخش‌هایی از ماوراء اردن را نیز در بر می‌گیرند.^[92]تحت حکومت هامونی ها، فریسیان، صدوقیان و اسن های عارف به عنوان جنبش های اجتماعی اصلی یهودیان ظهور کردند.حکیم فریسی، سیمئون بن شتاچ، اولین مدارسی را که در اطراف خانه های اجتماعات مستقر بودند، تأسیس کرد.^[93] این یک گام کلیدی در ظهور یهودیت خاخام بود.پس از مرگ بیوه یانائوس، ملکه سالومه الکساندرا در سال 67 قبل از میلاد، پسرانش هیرکانوس دوم و اریستوبولوس دوم بر سر جانشینی درگیر جنگ داخلی شدند.طرفین درگیری از طرف خود از پومپیوس کمک خواستند که راه را برای تصرف پادشاهی رومیان هموار کرد.^[94]