Cuộc nội chiến giữa hai triều đại Lê-Trịnh và Mạc kết thúc vào năm 1592, khi quân đội của Trịnh Tùng chinh phục Hà Nội và xử tử vua Mạc Mậu Hợp.Những người còn sống sót của hoàng tộc Mạc chạy trốn đến vùng núi phía bắc thuộc tỉnh Cao Bằng và tiếp tục cai trị ở đó cho đến năm 1677 khi Trịnh Tạc chinh phục lãnh thổ Mạc cuối cùng này.Các vua nhà Lê, kể từ khi Nguyễn Kim khôi phục, chỉ đóng vai trò bù nhìn.Sau khi nhà Mạc sụp đổ, mọi quyền lực thực sự ở phía bắc đều thuộc về chúa Trịnh.Trong khi đó, triều đình nhà Minh miễn cưỡng quyết định can thiệp quân sự vào cuộc nội chiến Việt Nam, nhưng Mạc Đăng Dung đã đề nghị thần phục nhà Minh và được chấp nhận.Năm 1600, Nguyễn Hoàng cũng tự xưng là Chúa (chính thức là "Vương") và từ chối gửi thêm tiền hoặc binh lính đến giúp nhà Trịnh.Ông cũng dời đô về Phú Xuân, Huế ngày nay.Trịnh Tráng kế vị cha ông là Trịnh Tùng sau khi ông qua đời năm 1623. Tráng ra lệnh cho Nguyễn Phúc Nguyên phải phục tùng.Đơn đặt hàng đã bị từ chối hai lần.Năm 1627, Trịnh Tráng đưa 150.000 quân vào Nam tiến quân bất thành.Nhà Trần mạnh hơn rất nhiều, dân số, kinh tế và quân đội đông hơn, nhưng họ không thể đánh bại nhà Nguyễn, người đã xây hai bức tường đá phòng thủ và đầu tư vào pháo binh Bồ Đào Nha.Chiến tranh Trịnh – Nguyễn kéo dài từ năm 1627 đến năm 1672. Quân Trịnh tiến hành ít nhất bảy cuộc tấn công, tất cả đều không chiếm được Phú Xuân.Có một thời gian, bắt đầu từ năm 1651, nhà Nguyễn đã tự mình tiến hành tấn công nhiều vùng lãnh thổ nhà Trần.Tuy nhiên, nhà Trịnh, dưới sự lãnh đạo mới là Trịnh Tạc, đã buộc nhà Nguyễn phải lùi lại vào năm 1655. Sau cuộc tấn công cuối cùng vào năm 1672, Trịnh Tạc đồng ý đình chiến với chúa Nguyễn Nguyễn Phúc Tần.Đất nước đã bị chia đôi một cách hiệu quả.Chiến tranh Trịnh–Nguyễn tạo cơ hội cho các thương nhân châu Âu hỗ trợ mỗi bên về vũ khí và công nghệ: người Bồ Đào Nha giúp đỡ nhà Nguyễn ở miền Nam trong khi người Hà Lan giúp đỡ nhà Trịnh ở phía Bắc.Nhà Trịnh và nhà Nguyễn duy trì hòa bình tương đối trong hàng trăm năm tiếp theo, trong thời gian đó cả hai bên đều đạt được những thành tựu đáng kể.Nhà Trần lập các cơ quan nhà nước tập trung phụ trách ngân sách nhà nước và sản xuất tiền tệ, thống nhất các đơn vị đo trọng lượng thành hệ thập phân, thành lập các xưởng in để giảm nhu cầu nhập khẩu ấn phẩm từ Trung Quốc, mở học viện quân sự và biên soạn sử sách.Trong khi đó, các chúa Nguyễn tiếp tục bành trướng về phía nam bằng việc chinh phục vùng đất Chăm còn lại.Những người định cư Việt cũng đến khu vực dân cư thưa thớt được gọi là "Water Chenla", là vùng hạ lưu đồng bằng sông Cửu Long của Đế quốc Khmer cũ.Giữa thế kỷ 17 đến giữa thế kỷ 18, khi Đế quốc Khmer cũ bị suy yếu do nội chiến và xâm lược của Xiêm , các chúa Nguyễn đã sử dụng nhiều biện pháp, hôn nhân chính trị, áp lực ngoại giao, ưu đãi chính trị và quân sự để giành lấy khu vực xung quanh hiện nay. -ngày Sài Gòn và đồng bằng sông Cửu Long.Quân Nguyễn có lúc cũng đụng độ với quân Xiêm để thiết lập ảnh hưởng đối với Đế quốc Khmer cũ.