1988 میں صدر ضیاء الحق کی موت کے بعد عام انتخابات کے ذریعے پاکستان میں جمہوریت بحال ہوئی۔ان انتخابات کے نتیجے میں پاکستان پیپلز پارٹی (پی پی پی) کی اقتدار میں واپسی ہوئی، بے نظیر بھٹو پاکستان کی پہلی خاتون وزیر اعظم اور مسلم اکثریتی ملک میں حکومت کی پہلی خاتون سربراہ بنیں۔یہ دور، جو 1999 تک جاری رہا، ایک مسابقتی دو جماعتی نظام کی خصوصیت تھی، جس کی قیادت نواز شریف کی قیادت میں مرکز دائیں قدامت پسند اور بینظیر بھٹو کی قیادت میں سینٹر لیفٹ سوشلسٹ تھے۔اپنے دور حکومت میں، بھٹو نے کمیونزم پر مشترکہ عدم اعتماد کی وجہ سے مغرب نواز پالیسیوں کو برقرار رکھتے ہوئے پاکستان کو سرد جنگ کے آخری مراحل سے گزارا۔اس کی حکومت نے افغانستان سے سوویت فوج کے انخلاء کا مشاہدہ کیا۔تاہم پاکستان کے ایٹم بم منصوبے کی دریافت سے امریکہ کے ساتھ تعلقات کشیدہ ہوئے اور اقتصادی پابندیاں لگ گئیں۔بھٹو کی حکومت کو افغانستان میں بھی چیلنجوں کا سامنا کرنا پڑا، ناکام فوجی مداخلت کے نتیجے میں انٹیلی جنس سروس کے ڈائریکٹرز کو برطرف کر دیا گیا۔معیشت کو بحال کرنے کی کوششوں کے باوجود، بشمول ساتویں پانچ سالہ منصوبہ، پاکستان کو جمود کا سامنا کرنا پڑا، اور بھٹو کی حکومت کو بالآخر قدامت پسند صدر غلام اسحاق خان نے برطرف کر دیا۔