پہلا فتنہ، ابتدائی اسلامی خانہ جنگی کی ایک بڑی جنگ نے مصر کی طرز حکمرانی میں اہم تبدیلیاں کیں۔اس دور میں خلیفہ علی نے محمد بن ابی بکر کو مصر کا گورنر مقرر کیا۔تاہم، عمرو بن العاص نے امویوں کی حمایت کرتے ہوئے 658 میں ابن ابی بکر کو شکست دی اور 664 میں ان کی وفات تک مصر پر حکومت کی۔ .اس تنازعہ کے دوران، خارجی حمایت یافتہ زبیرید حکومت قائم ہوئی، جو مقامی عربوں میں غیر مقبول تھی۔اموی خلیفہ مروان اول نے 684 میں مصر پر حملہ کیا، اموی کنٹرول کو بحال کیا اور اپنے بیٹے عبد العزیز کو گورنر مقرر کیا، جس نے 20 سال تک وائسرائے کی حیثیت سے مؤثر طریقے سے حکومت کی۔^[82]امویوں کے دور میں، مقامی فوجی اشرافیہ (جنڈ) سے منتخب ہونے والے عبد الملک ابن رفاع الفہمی اور ایوب ابن شرہبیل جیسے گورنروں نے ایسی پالیسیاں نافذ کیں جن سے قبطیوں پر دباؤ بڑھ گیا اور اسلامائزیشن کا آغاز ہوا۔^[83] اس کی وجہ سے ٹیکسوں میں اضافے کی وجہ سے کئی قبطی بغاوتیں ہوئیں، جن میں سب سے زیادہ قابل ذکر 725 میں تھا۔ عربی 706 میں سرکاری سرکاری زبان بن گئی، جس نے مصری عربی کی تشکیل میں اہم کردار ادا کیا۔اموی دور 739 اور 750 میں مزید بغاوتوں کے ساتھ ختم ہوا۔عباسی دور کے دوران، مصر کو نئے ٹیکسوں اور مزید قبطی بغاوتوں کا سامنا کرنا پڑا۔834 میں خلیفہ المعتصم کے اقتدار اور مالی کنٹرول کو مرکزی بنانے کے فیصلے نے اہم تبدیلیاں کیں، جن میں مقامی عرب فوجیوں کو ترک فوجیوں سے تبدیل کرنا بھی شامل ہے۔9ویں صدی نے دیکھا کہ مسلم آبادی نے قبطی عیسائیوں کو پیچھے چھوڑ دیا، عربائزیشن اور اسلامائزیشن کے عمل میں شدت آتی گئی۔عباسیوں کی سرزمین میں "سامرہ میں انارکی" نے مصر میں علید انقلابی تحریکوں کے عروج کو سہارا دیا۔^[84]تلونید کا دور 868 میں شروع ہوا جب احمد بن طولون کو گورنر مقرر کیا گیا، جس نے مصر کی سیاسی آزادی کی طرف ایک تبدیلی کی نشاندہی کی۔اندرونی طاقت کی کشمکش کے باوجود، ابن طولون نے ایک حقیقی آزاد حکمرانی قائم کی، جس نے اہم دولت جمع کی اور لیونٹ میں اثر و رسوخ بڑھایا۔تاہم، ان کے جانشینوں کو اندرونی کشمکش اور بیرونی خطرات کا سامنا کرنا پڑا، جس کے نتیجے میں 905 میں عباسیوں نے مصر پر دوبارہ فتح حاصل کی ^[85۔]طولونید کے بعد مصر نے مسلسل تنازعات اور ترک کمانڈر محمد بن تغج الخشید جیسی بااثر شخصیات کا عروج دیکھا۔946 میں اس کی موت اس کے بیٹے انجور کی پرامن جانشینی اور اس کے بعد کافور کی حکمرانی کا باعث بنی۔تاہم، 969 میں فاطمی فتح نے اس دور کا خاتمہ کیا، جس سے مصری تاریخ کے ایک نئے دور کا آغاز ہوا۔^[86]