การศึกษาพันธุศาสตร์เอเชียชี้ให้เห็นว่ามนุษย์ดั้งเดิมในเอเชียตะวันออกมาจากเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^[14] กลุ่มชนพื้นเมืองบนคาบสมุทรสามารถแบ่งออกเป็นสามชาติพันธุ์: Negritos, Senoi และมาเลย์โปรโต^[15] ชาวคาบสมุทรมลายูกลุ่มแรกน่าจะเป็นชาวเนกริโตส^[16] นักล่าหินเหล่านี้อาจเป็นบรรพบุรุษของ Semang ซึ่งเป็นกลุ่มชาติพันธุ์ Negrito^[17] Senoi ดูเหมือนจะเป็นกลุ่มที่ประกอบขึ้น โดยประมาณครึ่งหนึ่งของสายเลือดไมโตคอนเดรียของมารดาสืบย้อนกลับไปถึงบรรพบุรุษของเซมัง และประมาณครึ่งหนึ่งถึงการอพยพของบรรพบุรุษในเวลาต่อมาจากอินโดจีนนักวิชาการแนะนำว่าพวกเขาเป็นผู้สืบเชื้อสายมาจากเกษตรกรที่พูดภาษาออสโตรเอเชียติกยุคแรก ซึ่งนำทั้งภาษาและเทคโนโลยีของพวกเขามาสู่ทางตอนใต้ของคาบสมุทรเมื่อประมาณ 4,000 ปีที่แล้วพวกเขารวมตัวกันและรวมตัวกับประชากรพื้นเมือง^[18] มาเลย์ดั้งเดิมมีต้นกำเนิดที่หลากหลายกว่า ^[19] และตั้งรกรากในมาเลเซียภายใน 1,000 ปีก่อนคริสตศักราชอันเป็นผลมาจากการขยายตัวของออสโตรนีเซียน^[20] แม้ว่าพวกมันจะแสดงความสัมพันธ์บางอย่างกับผู้อยู่อาศัยอื่นๆ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ทางทะเล แต่บางคนก็มีเชื้อสายในอินโดจีนในช่วงเวลาที่เกิดธารน้ำแข็งสูงสุดครั้งสุดท้ายเมื่อประมาณ 20,000 ปีที่แล้วพื้นที่ซึ่งปัจจุบันคือประเทศมาเลเซียได้เข้าร่วมใน Maritime Jade Roadเครือข่ายการค้ามีมาเป็นเวลา 3,000 ปี ระหว่าง 2,000 ปีก่อนคริสตศักราช ถึง 1,000 คริสตศักราช^[21]นักมานุษยวิทยาสนับสนุนแนวคิดที่ว่ามาเลย์ดั้งเดิมมีต้นกำเนิดมาจากยูนนานประเทศจีน ในปัจจุบัน^[ตาม] มาด้วยการแพร่กระจายของโฮโลซีนตอนต้นผ่านคาบสมุทรมลายูเข้าสู่หมู่เกาะมลายูประมาณ ^[300] ปีก่อนคริสตศักราช พวกเขาถูกผลักดันเข้าสู่แผ่นดินโดยชาวดิวเทอโร-มาเลย์ ซึ่งเป็นยุคเหล็กหรือยุคสำริดที่สืบเชื้อสายมาจากจามของ กัมพูชา และ เวียดนาม บางส่วนกลุ่มแรกในคาบสมุทรที่ใช้เครื่องมือโลหะ Deutero-Malays เป็นบรรพบุรุษโดยตรงของชาวมาเลย์มาเลย์ในปัจจุบัน และนำเทคนิคการทำฟาร์มขั้นสูงมาด้วย^[17] ชาวมาเลย์ยังคงกระจัดกระจายทางการเมืองทั่วทั้งหมู่เกาะมลายู แม้ว่าจะมีการแบ่งปันวัฒนธรรมและโครงสร้างทางสังคมร่วมกันก็ตาม^[24]