สงครามฟิตนาครั้งแรก ซึ่งเป็นสงครามกลางเมืองอิสลามครั้งใหญ่ในช่วงต้น นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงการปกครองของอียิปต์ครั้งสำคัญในช่วงเวลานี้ กาหลิบอาลีได้แต่งตั้งมูฮัมหมัด อิบัน อาบี บาการ์ เป็นผู้ว่าการอียิปต์อย่างไรก็ตาม อัมร์ บิน อัล-อัส ซึ่งสนับสนุน กลุ่มอุมัยยะฮ์ เอาชนะอิบนุ อบีบักร ในปี 658 และปกครองอียิปต์จนกระทั่งเขาเสียชีวิตในปี 664 ภายใต้กลุ่มอุมัยยะฮ์ พรรคพวกที่สนับสนุนกลุ่มอุมัยยาด เช่น มัสลามา บิน มุกฮัลลัด อัล-อันซารี ยังคงปกครองอียิปต์ต่อไปจนกระทั่ง Fitna ที่สอง .ในระหว่างความขัดแย้งนี้ ได้มีการสถาปนาระบอบการปกครอง Zubayrid ที่สนับสนุนโดย Kharijite ซึ่งไม่เป็นที่นิยมในหมู่ชาวอาหรับในท้องถิ่นเมยยาด กาหลิบ มาร์วานที่ 1 บุกอียิปต์ในปี 684 คืนสถานะการควบคุมของเมยยาดอีกครั้ง และแต่งตั้งอับด์ อัล-อาซิซ ลูกชายของเขาเป็นผู้ว่าราชการ ซึ่งปกครองอย่างมีประสิทธิผลในฐานะอุปราชเป็นเวลา 20 ปี^[82]ภายใต้กลุ่มอุมัยยะฮ์ ผู้ว่าการเช่นอับด์อัล-มาลิก บิน ริฟาอา อัล-ฟาห์มี และอัยยับ บิน ชาฮาบิล ซึ่งได้รับเลือกจากกลุ่มทหารชั้นนำในท้องถิ่น (jund) ได้ดำเนินนโยบายที่เพิ่มแรงกดดันต่อพวกคอปต์ และเริ่มการนับถือศาสนาอิสลาม^{[สิ่ง]} นี้นำไปสู่การประท้วงของชาวคอปติกหลายครั้งเนื่องจากการเก็บภาษีที่สูงขึ้น โดยที่โดดเด่นที่สุดในปี ค.ศ. 725 ภาษาอาหรับกลายเป็นภาษาราชการอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 706 ซึ่งมีส่วนทำให้เกิดภาษาอาหรับอียิปต์ยุคเมยยาดสิ้นสุดลงด้วยการก่อกบฏเพิ่มเติมในปี ค.ศ. 739 และ ค.ศ. 750ในช่วงสมัย อับบาซียะห์ อียิปต์ประสบกับการเก็บภาษีครั้งใหม่และการปฏิวัติคอปติกเพิ่มเติมการตัดสินใจของกาหลิบอัล-มูตาซิมในปี 834 ที่จะรวมอำนาจและการควบคุมทางการเงินไว้ที่ศูนย์กลางนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ รวมถึงการแทนที่กองทหารอาหรับในท้องถิ่นด้วยทหารตุรกีศตวรรษที่ 9 ประชากรมุสลิมมีจำนวนมากกว่า คริสเตียนคอปติก โดยกระบวนการทำให้เป็นอาหรับและอิสลามมีความเข้มข้นมากขึ้น"อนาธิปไตยที่ Samarra" ในใจกลางของ Abbasid เอื้อให้เกิดขบวนการปฏิวัติ Alid ในอียิปต์^[84]ยุคทูลูนิดเริ่มต้นในปี 868 เมื่ออะห์หมัด บิน ทูลุนได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้ว่าราชการ ถือเป็นการเปลี่ยนแปลงไปสู่เอกราชทางการเมืองของอียิปต์แม้จะมีการแย่งชิงอำนาจภายใน แต่อิบัน ตุลุนก็สถาปนาการปกครองที่เป็นอิสระโดยพฤตินัย โดยสั่งสมความมั่งคั่งจำนวนมากและขยายอิทธิพลไปยังลิแวนต์อย่างไรก็ตาม ผู้สืบทอดของพระองค์ต้องเผชิญกับความขัดแย้งภายในและการคุกคามจากภายนอก ซึ่งนำไปสู่การยึดครองอียิปต์ของอับบาซียะฮ์อีกครั้งในปี ค.ศ. ^[905]อียิปต์หลังยุคทูลูนิด เผชิญกับความขัดแย้งอย่างต่อเนื่องและการเพิ่มขึ้นของผู้มีอิทธิพล เช่น ผู้บัญชาการชาวตุรกี มูฮัมหมัด บิน ตุจจ์ อัล-อิคชิดการเสียชีวิตของเขาในปี 946 นำไปสู่การสืบทอดอย่างสงบของ Unujur ลูกชายของเขาและการปกครอง Kafur ในเวลาต่อมาอย่างไรก็ตาม การพิชิตฟาติมียะห์ในปี 969 ได้ยุติช่วงเวลานี้ ถือเป็นการเปิดศักราชใหม่ของประวัติศาสตร์อียิปต์^[86]