Între 1258 și 1291, regiunea s-a confruntat cu tulburări ca graniță între invadatorii mongoli , aliați uneori cu cruciați , șimamelucii dinEgipt .Acest conflict a dus la o reducere semnificativă a populației și la dificultăți economice.Mamelucii erau în mare parte de origine turcă și au fost cumpărați în copilărie și apoi instruiți în război.Erau războinici foarte apreciați, care le-au oferit conducătorilor independența aristocrației native.În Egipt, aceștia au preluat controlul asupra regatului în urma unei invazii eșuate de către cruciați (a șaptea cruciada).Mamelucii au preluat controlul Egiptului și și-au extins stăpânirea în Palestina.Primul sultan mameluc, Qutuz, i-a învins pe mongoli în bătălia de la Ain Jalut, dar a fost asasinat de Baibars, care i-a succedat și a eliminat majoritatea avanposturilor cruciaților.Mamelucii au condus Palestina până în 1516, considerând-o parte a Siriei.În Hebron, evreii s-au confruntat cu restricții la Peștera Patriarhilor, un loc important în iudaism, o limitare care a persistat până la Războiul de șase zile.^[146]Al-Ashraf Khalil, un sultan mameluc, a capturat ultimul bastion al cruciatilor în 1291. Mamelucii, continuând politicile Ayyubide, au distrus strategic regiunile de coastă de la Tir până la Gaza pentru a preveni potențialele atacuri maritime ale cruciaților.Această devastare a dus la depopularea pe termen lung și la declinul economic în aceste zone.^[147]Comunitatea evreiască din Palestina a cunoscut o întinerire odată cu afluxul de evrei sefarzi după expulzarea lor dinSpania în 1492 și persecuția în Portugalia în 1497. Sub dominația mameluci și mai târziu otomană , acești evrei sefarzi s-au stabilit predominant în zone urbane precum Safed și Ierusalim, în contrast cu comunitatea evreiască Musta'arbi în cea mai mare parte rurală.^[148]