Prima Fitna, un război civil islamic timpuriu major, a dus la schimbări semnificative în guvernarea Egiptului.În această perioadă, califul Ali l-a numit pe Muhammad ibn Abi Bakr ca guvernator al Egiptului.Cu toate acestea, Amr ibn al-As, susținându-i pe omeyazi , l-a învins pe Ibn Abi Bakr în 658 și a guvernat Egiptul până la moartea sa în 664. Sub omeiazi, partizani pro-omeyazi precum Maslama ibn Mukhallad al-Ansari au continuat să guverneze Egiptul până la a doua Fitna. .În timpul acestui conflict, a fost înființat regimul Zubayrid susținut de Kharijiți, nepopular printre arabii locali.Califul omayyad Marwan I a invadat Egiptul în 684, restabilind controlul omeiadă și numindu-l pe fiul său, Abd al-Aziz, ca guvernator, care a condus efectiv ca vicerege timp de 20 de ani.^[82]Sub omeiazi, guvernatori precum Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi și Ayyub ibn Sharhabil, aleși din elita militară locală (jund), au implementat politici care au crescut presiunea asupra copților și au inițiat islamizarea.^[83] Acest lucru a dus la mai multe revolte copte din cauza impozitării crescute, cea mai notabilă fiind în 725. Araba a devenit limba oficială a guvernului în 706, contribuind la formarea arabei egiptene.Perioada omeiadă s-a încheiat cu alte revolte în 739 și 750.În perioada abbazidă , Egiptul a suferit noi taxe și alte revolte copte.Decizia califului al-Mu'tasim din 834 de a centraliza puterea și controlul financiar a dus la schimbări semnificative, inclusiv înlocuirea trupelor arabe locale cu soldați turci.Secolul al IX-lea a văzut populația musulmană depășind creștinii copți , procesele de arabizare și islamizare s-au intensificat.„Anarhia de la Samarra” din inima abbazidă a facilitat ascensiunea mișcărilor revoluționare Alid în Egipt.^[84]Perioada tulunidă a început în 868 când Ahmad ibn Tulun a fost numit guvernator, marcând o schimbare către independența politică a Egiptului.În ciuda luptelor interne pentru putere, Ibn Tulun a stabilit o guvernare independentă de facto, acumulând bogății semnificative și extinzând influența în Levant.Cu toate acestea, succesorii săi s-au confruntat cu lupte interne și amenințări externe, ceea ce a dus la recucerirea abasidă a Egiptului în 905. ^[85]Egiptul post-tulunid a cunoscut conflicte continue și ascensiunea unor figuri influente precum comandantul turc Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Moartea sa în 946 a dus la succesiunea pașnică a fiului său Unujur și la stăpânirea ulterioară a lui Kafur.Cu toate acestea, cucerirea fatimidă din 969 a pus capăt acestei perioade, deschizând o nouă eră a istoriei egiptene.^[86]