W latach 1258-1291 region stanął w obliczu zamieszania jako granica między najeźdźcami mongolskimi , czasami sprzymierzonymi z krzyżowcami , amamelukami zEgiptu .Konflikt ten doprowadził do znacznej redukcji populacji i trudności gospodarczych.Mamelucy byli w większości pochodzenia tureckiego i kupowano ich jako dzieci, a następnie szkolono w walce.Byli wysoko cenionymi wojownikami, którzy zapewniali władcom niezależność od rodzimej arystokracji.W Egipcie przejęli kontrolę nad królestwem po nieudanej inwazji krzyżowców (siódma krucjata).Mamelucy przejęli kontrolę w Egipcie i rozszerzyli swoje panowanie na Palestynę.Pierwszy sułtan mamelucki, Qutuz, pokonał Mongołów w bitwie pod Ain Jalut, ale został zamordowany przez Baibarsa, który został jego następcą i wyeliminował większość placówek krzyżowców.Mamelucy rządzili Palestyną do 1516 roku, uważając ją za część Syrii.W Hebronie Żydzi musieli spotkać się z ograniczeniami w Jaskini Patriarchów, ważnym miejscu w judaizmie, które obowiązywały aż do wojny sześciodniowej.^[146]Al-Ashraf Khalil, sułtan mamelucki, zdobył ostatnią twierdzę krzyżowców w 1291 roku. Mamelucy, kontynuując politykę Ajjubidów, strategicznie zniszczyli regiony przybrzeżne od Tyru po Gazę, aby zapobiec potencjalnym atakom krzyżowców na morzu.Zniszczenia te doprowadziły do ​​długotrwałego wyludnienia i upadku gospodarczego na tych obszarach.^[147]Społeczność żydowska w Palestynie doświadczyła odrodzenia wraz z napływem Żydów sefardyjskich po ich wygnaniu zHiszpanii w 1492 r. i prześladowaniach w Portugalii w 1497 r. Pod panowaniem mameluków, a później osmańskich , ci sefardyjscy Żydzi osiedlali się głównie na obszarach miejskich, takich jak Safed i Jerozolima, w przeciwieństwie do głównie wiejska społeczność żydowska Musta'arbi.^[148]