Frankrijk nam de controle over het Rijnland over, voerde hervormingen naar Franse stijl door, schafte het feodalisme af, vestigde grondwetten, promootte de vrijheid van godsdienst, emancipeerde joden, stelde de bureaucratie open voor gewone talentvolle burgers en dwong de adel om de macht te delen met de opkomende middenklasse.Napoleon creëerde het koninkrijk Westfalen (1807–1813) als modelstaat.Deze hervormingen bleken grotendeels permanent en moderniseerden de westelijke delen van Duitsland.Toen de Fransen probeerden de Franse taal op te leggen, groeide de Duitse tegenstand in hevigheid.Een
tweede coalitie van Groot-Brittannië, Rusland en Oostenrijk viel vervolgens Frankrijk aan, maar faalde.Napoleon vestigde directe of indirecte controle over het grootste deel van West-Europa, inclusief de Duitse staten behalve Pruisen en Oostenrijk.Het oude Heilige Roomse Rijk was weinig meer dan een farce;Napoleon schafte het simpelweg af in 1806 terwijl hij nieuwe landen onder zijn controle vormde.In Duitsland richtte Napoleon de "Confederatie van de Rijn" op, die de meeste Duitse staten omvatte behalve Pruisen en Oostenrijk.Onder het zwakke bewind van Frederik Willem II (1786-1797) had Pruisen een ernstig economisch, politiek en militair verval doorgemaakt.Zijn opvolger, koning Frederik Willem III, probeerde neutraal te blijven tijdens
de Derde Coalitieoorlog en de ontbinding van het Heilige Roomse Rijk door de Franse keizer Napoleon en de reorganisatie van de Duitse vorstendommen.Geïnspireerd door de koningin en een pro-oorlogspartij trad Frederik Willem toe tot de
Vierde Coalitie in oktober 1806. Napoleon versloeg gemakkelijk het Pruisische leger in de Slag bij Jena en bezette Berlijn.Pruisen verloor zijn recent verworven gebieden in West-Duitsland, zijn leger werd teruggebracht tot 42.000 man, handel met Groot-Brittannië was niet toegestaan en Berlijn moest hoge herstelbetalingen aan Parijs betalen en het Franse bezettingsleger financieren.Saksen wisselde van kant om Napoleon te steunen en sloot zich aan bij de Rijnbond.Heerser Frederik Augustus I werd beloond met de titel van koning en kreeg een deel van Polen uit Pruisen, dat bekend werd als het
hertogdom Warschau .Na het militaire fiasco van Napoleon in
Rusland in 1812 sloot Pruisen zich aan bij Rusland in de
Zesde Coalitie .Een reeks veldslagen volgde en Oostenrijk sloot zich aan bij de alliantie.Napoleon werd eind 1813 beslissend verslagen in de Slag om Leipzig. De Duitse staten van de Rijnbond liepen over naar de coalitie tegen Napoleon, die alle vredesvoorwaarden verwierp.Coalitietroepen vielen begin 1814 Frankrijk binnen, Parijs viel en in april gaf Napoleon zich over.Pruisen won als een van de winnaars op het Congres van Wenen een uitgestrekt gebied.