Lo scoppio della guerra nel Pacifico nel dicembre 1941 trovò gli inglesi in Malesia completamente impreparati.Durante gli anni '30, anticipando la crescente minaccia della potenza navale giapponese, avevano costruito una grande base navale a Singapore , ma non avevano mai previsto un'invasione della Malesia da nord.Non esisteva praticamente alcuna capacità aerea britannica in Estremo Oriente.Igiapponesi furono così in grado di attaccare impunemente dalle loro basi nell'Indocina francese e, nonostante la resistenza delle forze britanniche, australiane eindiane , invasero la Malesia in due mesi.Singapore, senza difese verso terra, senza copertura aerea e senza rifornimento d'acqua, fu costretta ad arrendersi nel febbraio 1942. Anche il Borneo settentrionale britannico e il Brunei furono occupati.Il governo coloniale giapponese considerava i malesi da un punto di vista panasiatico e promuoveva una forma limitata di nazionalismo malese.Il nazionalista malese Kesatuan Melayu Muda, sostenitore di Melayu Raya, collaborò con i giapponesi, sulla base dell'intesa che il Giappone avrebbe unito le Indie orientali olandesi, la Malesia e il Borneo e avrebbe concesso loro l'indipendenza.^[80] Gli occupanti, tuttavia, consideravano icinesi come stranieri nemici e li trattavano con grande durezza: durante il cosiddetto sook ching (purificazione attraverso la sofferenza), furono uccisi fino a 80.000 cinesi in Malesia e Singapore.I cinesi, guidati dal Partito Comunista Malese (MCP), divennero la spina dorsale dell'Esercito popolare anti-giapponese malese (MPAJA).Con l'assistenza britannica, l'MPAJA divenne la forza di resistenza più efficace nei paesi asiatici occupati.Sebbene i giapponesi sostenessero di sostenere il nazionalismo malese, offendevano il nazionalismo malese consentendo al loro alleato Thailandia di annettere nuovamente i quattro stati settentrionali, Kedah, Perlis, Kelantan e Terengganu che erano stati trasferiti alla Malesia britannica nel 1909. i mercati di esportazione presto produssero una disoccupazione di massa che colpì tutte le razze e rese i giapponesi sempre più impopolari.^[81]