La dinastia Khwarazmiana, stabilita in Iran, durò solo fino all'invasione mongola sotto Gengis Khan .Nel 1218, l'impero mongolo in rapida espansione confinava con il territorio Khwarazmiano.Ala ad-Din Muhammad, il sovrano Khwarazmiano, aveva espanso il suo regno su gran parte dell'Iran e si era dichiarato scià, chiedendo il riconoscimento del califfo abbaside Al-Nasir, che gli fu negato.L'invasione mongola dell'Iran iniziò nel 1219 dopo che le sue missioni diplomatiche in Khwarezm furono massacrate.L'invasione è stata brutale e globale;le principali città come Bukhara, Samarcanda, Herat, Tus e Nishapur furono distrutte e le loro popolazioni furono massacrate.Ala ad-Din Muhammad fuggì e alla fine morì su un'isola nel Mar Caspio.Durante questa invasione, i mongoli impiegarono tecniche militari avanzate, compreso l'uso di catapulte cinesi e possibilmente bombe a polvere da sparo.I soldati cinesi, esperti nella tecnologia della polvere da sparo, facevano parte dell'esercito mongolo.Si ritiene che la conquista mongola abbia introdotto nell'Asia centrale le armi cinesi a polvere da sparo, compreso l'huochong (un mortaio).La successiva letteratura locale raffigurava armi a polvere da sparo simili a quelle usate inCina .L'invasione mongola, culminata con la morte di Gengis Khan nel 1227, fu devastante per l'Iran.Il risultato fu una significativa distruzione, compreso il saccheggio di città nell’Azerbaigian occidentale.I mongoli, nonostante si siano successivamente convertiti all'Islam e si siano assimilati alla cultura iraniana, hanno inflitto danni irreparabili.Hanno distrutto secoli di studi, cultura e infrastrutture islamiche, radendo al suolo città, bruciando biblioteche e sostituendo le moschee con templi buddisti in alcune aree.^[38]L'invasione ha avuto un impatto catastrofico anche sulla vita civile iraniana e sulle infrastrutture del paese.La distruzione dei sistemi di irrigazione dei qanat, in particolare nell’Iran nord-orientale, ha sconvolto il modello degli insediamenti, portando all’abbandono di molte città agricole un tempo prospere.^[39]Dopo la morte di Gengis Khan, l'Iran fu governato da vari comandanti mongoli.Hulagu Khan, nipote di Gengis, fu responsabile dell'ulteriore espansione verso ovest del potere mongolo.A quel tempo, tuttavia, l'impero mongolo si era frammentato in diverse fazioni.Hulagu fondò l' Ilkhanato in Iran, uno stato separatista dell'Impero mongolo, che governò per ottant'anni e divenne sempre più persianizzato.Nel 1258, Hulagu conquistò Baghdad e giustiziò l'ultimo califfo abbaside.La sua espansione fu fermata dalla battaglia di Ain Jalut in Palestina nel 1260 dai Mamelucchi.Inoltre, le campagne di Hulagu contro i musulmani causarono un conflitto con Berke, il khan musulmano dell'Orda d'Oro , evidenziando la disintegrazione dell'unità mongola.Sotto Ghazan (r. 1295–1304), pronipote di Hulagu, l'Islam fu stabilito come religione di stato dell'Ilkhanato.Ghazan, insieme al suo visir iraniano Rashid al-Din, ha avviato una ripresa economica in Iran.Ridussero le tasse per gli artigiani, promossero l’agricoltura, ripristinarono le opere di irrigazione e migliorarono la sicurezza delle rotte commerciali, portando a un’impennata del commercio.Questi sviluppi hanno facilitato gli scambi culturali in tutta l’Asia, arricchendo la cultura iraniana.Un risultato notevole fu l’emergere di un nuovo stile di pittura iraniana, che fondeva elementi artistici mesopotamici e cinesi.Tuttavia, dopo la morte del nipote di Ghazan, Abu Said, nel 1335, l'Ilkhanato precipitò nella guerra civile e si frammentò in diverse dinastie più piccole, tra cui Jalayiridi, Muzaffaridi, Sarbadara e Kartidi.Il XIV secolo fu anche testimone dell'impatto devastante della Peste Nera, che uccise circa il 30% della popolazione iraniana.^[40]