L'anno di nascita di Temüjin è controverso, poiché gli storici preferiscono date diverse: 1155, 1162 o 1167. Alcune tradizioni collocano la sua nascita nell'anno del maiale, che era il 1155 o il 1167. Mentre una datazione al 1155 è supportata dagli scritti di sia Zhao Hong che Rashid al-Din, altre fonti importanti come la Storia di Yuan e lo Shengwu privilegiano l'anno 1162. La datazione del 1167, favorita da Paul Pelliot, deriva da una fonte minore: un testo dell'artista Yuan Yang Weizhen - ma è più compatibile con gli eventi della vita di Genghis Khan rispetto a una collocazione del 1155, il che implica che non ebbe figli fino a dopo i trent'anni e continuò attivamente a condurre una campagna fino ai settant'anni. 1162 rimane la data più accettata; lo storico Paul Ratchnevsky osserva che lo stesso Temüjin potrebbe non conoscere la verità. Il luogo di nascita di Temüjin è similmente dibattuto: la Storia segreta registra il suo luogo di nascita come Delüün Boldog sul fiume Onon, ma questo è stato collocato a Dadal nella provincia di Khentii o nel sud di Agin-Buryat Okrug, in Russia.
Temüjin nacque nel clan Borjigin della tribù mongola da Yesügei, un capo che affermava di discendere dal leggendario signore della guerra Bodonchar Munkhag, e dalla sua principale moglie Hö'elün, originaria del clan Olkhonud, che Yesügei aveva rapito dal suo sposo Merkit Chiledu. L'origine del suo nome di nascita è controversa: le tradizioni più antiche sostengono che suo padre fosse appena tornato da una vittoriosa campagna contro i Tartari con un prigioniero di nome Temüchin-uge, dal quale chiamò il neonato per celebrare la sua vittoria, mentre le tradizioni successive evidenziare la radice temür (che significa "ferro") e collegarsi alle teorie secondo cui "Temüjin" significa "fabbro". Yesügei e Hö'elün ebbero tre figli più piccoli dopo Temüjin: Qasar, Hachiun e Temüge, così come una figlia, Temülen. Temüjin aveva anche due fratellastri, Behter e Belgutei, dalla seconda moglie di Yesügei, Sochigel, la cui identità è incerta. I fratelli sono cresciuti nell'accampamento principale di Yesugei sulle rive dell'Onon, dove hanno imparato a cavalcare e a tirare con l'arco.
Quando Temüjin aveva otto anni, Yesügei decise di fidanzarlo con una ragazza adatta. Portò il suo erede nei pascoli della prestigiosa tribù Onggirat di Hö'elün, che si era sposata con i mongoli in molte occasioni precedenti. Lì organizzò un fidanzamento tra Temüjin e Börte, la figlia di un capo Onggirat di nome Dei Sechen. Poiché il fidanzamento significava che Yesügei avrebbe guadagnato un potente alleato e poiché Börte imponeva un prezzo elevato per la sposa, Dei Sechen mantenne la posizione negoziale più forte e chiese che Temüjin rimanesse nella sua famiglia per saldare il suo debito futuro. Accettando questa condizione, Yesügei chiese un pasto a un gruppo di tartari che incontrò mentre tornava a casa da solo, facendo affidamento sulla tradizione dell'ospitalità della steppa verso gli stranieri. Tuttavia, i tartari riconobbero il loro vecchio nemico e gli misero del veleno nel cibo. Yesügei si ammalò gradualmente ma riuscì a tornare a casa; vicino alla morte, chiese a un servitore fidato chiamato Münglig di recuperare Temüjin dall'Onggirat. Morì poco dopo.
All'età di otto anni, Temüjin fu promesso in sposa da suo padre Yesügei a Börte, figlia del capo Onggirat Dei Sechen, per assicurarsi un'alleanza attraverso il matrimonio. Questa unione richiedeva che Temüjin rimanesse con gli Onggirat, adempiendo agli obblighi nei confronti della famiglia della sua futura sposa. Durante il viaggio di ritorno, Yesügei, avvelenato dai tartari che aveva incontrato, riuscì a malapena a tornare a casa prima di soccombere al veleno. Prima di morire, organizzò il recupero di Temüjin dagli Onggirat tramite un fedele servitore, Münglig.