Az Első Fitna, egy jelentős korai iszlám polgárháború, jelentős változásokhoz vezetett Egyiptom kormányzásában.Ebben az időszakban Ali kalifa Muhammad ibn Abi Bakrt nevezte ki Egyiptom kormányzójává.Amr ibn al-As azonban az Omajjádokat támogató Amr ibn al-As legyőzte Ibn Abi Bakrt 658-ban, és 664-ben bekövetkezett haláláig kormányozta Egyiptomot. Az Omajjádok alatt az Omajjád-párti partizánok, mint Maslama ibn Mukhallad al-Ansari folytatták Egyiptom kormányzását egészen a második Fitnáig. .A konfliktus során létrejött a helyi arabok körében népszerűtlen, a kharidzsita által támogatott Zubayrid rezsim.I. Marvan omajjád kalifa 684-ben megszállta Egyiptomot, visszaállítva az Omajjád uralmát, és kinevezte fiát, Abd al-Azizt kormányzónak, aki 20 évig ténylegesen alkirályként uralkodott.^[82]Az Omajjádok idején olyan kormányzók, mint Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi és Ayyub ibn Sharhabil, akiket a helyi katonai elitből (jund) választottak, olyan politikát hajtottak végre, amely növelte a koptokra nehezedő nyomást és elindította az iszlamizációt.^[83] Ez több kopt lázadáshoz vezetett a megemelt adók miatt, a legfigyelemreméltóbb 725-ben történt. Az arab 706-ban lett a hivatalos kormánynyelv, hozzájárulva az egyiptomi arab kialakulásához.Az Omajjád időszak további lázadásokkal zárult 739-ben és 750-ben.Az Abbászida korszakban Egyiptom új adókat és további kopt lázadásokat szenvedett el.Al-Mu'tasim kalifa 834-es döntése a hatalom és a pénzügyi ellenőrzés központosításáról jelentős változásokhoz vezetett, beleértve a helyi arab csapatok török ​​katonákkal való felváltását.A 9. században a muzulmán lakosság meghaladta a kopt keresztényeket , az arabizációs és iszlamizációs folyamatok felerősödésével.Az Abbászida szívében lévő "Samarrai anarchia" elősegítette az Alid forradalmi mozgalmak felemelkedését Egyiptomban.^[84]A Tulunid időszak 868-ban kezdődött, amikor Ahmad ibn Tulunt nevezték ki kormányzónak, ami egy elmozdulást jelez Egyiptom politikai függetlensége felé.A belső hatalmi harcok ellenére Ibn Tulun de facto független uralmat hozott létre, jelentős vagyont halmozott fel és befolyást terjesztett ki a Levantára.Utódai azonban belső viszályokkal és külső fenyegetésekkel néztek szembe, ami 905-ben Egyiptom abbászidák visszahódításához vezetett ^{[. 85]}A Tulunid utáni Egyiptomban folytatódtak a konfliktusok, és olyan befolyásos alakok emelkedtek fel, mint Mohamed ibn Tughj al-Ikhshid török ​​parancsnok.946-ban bekövetkezett halála fia, Unujur békés örökösödéséhez, majd Kafur uralmához vezetett.A 969-es Fátimida hódítás azonban véget vetett ennek az időszaknak, és egy új korszakot nyitott Egyiptom történelmében.^[86]