مطالعه ژنتیک آسیایی نشان می دهد که انسان های اصلی در شرق آسیا از جنوب شرق آسیا آمده اند.^[14] گروه‌های بومی در شبه جزیره را می‌توان به سه قوم تقسیم کرد: نگریتوها، سنویی‌ها و مالایی‌های اولیه.^[15] اولین ساکنان شبه جزیره مالایا به احتمال زیاد نگریتوس بودند.^[16] این شکارچیان میان سنگی احتمالاً اجداد سمانگ، یک گروه قومی نگریتو بودند.^[17] به نظر می رسد سنوی یک گروه ترکیبی است، با تقریباً نیمی از دودمان DNA میتوکندریایی مادر به اجداد سمانگ و حدود نیمی از مهاجرت اجدادی بعدی از هندوچین.محققین پیشنهاد می کنند که آنها از نوادگان کشاورزان اولیه اتریشی زبان هستند که تقریباً 4000 سال پیش هم زبان و هم فناوری خود را به بخش جنوبی شبه جزیره آوردند.آنها متحد شدند و با جمعیت بومی متحد شدند.^[18] پروتو مالایی ها منشأ متنوع تری دارند ^[19] و در 1000 سال قبل از میلاد در مالزی در نتیجه گسترش استرونزی ساکن شده بودند.^[20] اگرچه آنها برخی از پیوندها را با ساکنان دیگر در دریای جنوب شرقی آسیا نشان می‌دهند، برخی از آنها نیز اجدادی در هندوچین در زمان آخرین حداکثر یخبندان در حدود 20000 سال پیش دارند.مناطقی که اکنون مالزی نامیده می شود در جاده دریایی یشم شرکت داشتند.شبکه تجارت برای 3000 سال، بین 2000 قبل از میلاد تا 1000 پس از میلاد وجود داشت.^[21]مردم شناسان از این ایده حمایت می کنند که پروتو-مالایی ها از یوننان امروزیچین سرچشمه گرفته اند.^[22] این امر با پراکندگی اولیه هولوسن از طریق شبه جزیره مالایی به مجمع الجزایر مالایی دنبال شد.^[23] در حدود 300 سال قبل از میلاد، آنها توسط دوترو-مالایایی ها، مردم عصر آهن یا عصر برنز که تا حدی از خاندان چم کامبوج و ویتنام تبار بودند، به داخل کشور رانده شدند.اولین گروهی که در شبه جزیره از ابزار فلزی استفاده کردند، دوترو-مالایی ها اجداد مستقیم مالزی های امروزی مالزی بودند و تکنیک های پیشرفته کشاورزی را با خود به ارمغان آوردند.^[17] مالایی ها از نظر سیاسی در سراسر مجمع الجزایر مالایی تکه تکه باقی ماندند، اگرچه فرهنگ و ساختار اجتماعی مشترکی داشتند.^[24]