در طول دوره بیزانس (شروع 390 پس از میلاد)، منطقه ای که قبلاً بخشی از امپراتوری روم بود، تحت سلطه مسیحیت تحت سلطه بیزانس قرار گرفت. این تغییر با هجوم زائران مسیحی و ساخت کلیساها در مکان های کتاب مقدس تسریع شد.^[123] راهبان نیز با ایجاد صومعه ها در نزدیکی محل سکونت خود در تغییر مذهب مشرکان محلی نقش داشتند.^[124]جامعه یهودی در فلسطین با افول مواجه شد و در قرن چهارم وضعیت اکثریت خود را از دست داد.^[125] محدودیت‌ها برای یهودیان افزایش یافت، از جمله ممنوعیت ساخت مکان‌های عبادت جدید، تصدی مناصب دولتی و داشتن بردگان مسیحی.^[126] رهبری یهودیان، از جمله دفتر ناسی و سنهدرین، در سال 425 منحل شد و مرکز یهودیان در بابل پس از آن به شهرت رسید.^[123]قرن پنجم و ششم شاهد شورش های سامری ها علیه حکومت بیزانس بود که سرکوب شد و نفوذ سامری ها کاهش یافت و سلطه مسیحیان تقویت شد.^[127] سوابق گرویدن یهودیان و سامری ها به مسیحیت در این دوره محدود است و بیشتر به افراد مربوط می شود تا جوامع.^[128]در سال 611 خسرو دوم از ایران ساسانی با کمک نیروهای یهودی به اورشلیم حمله کرد و اورشلیم را تصرف کرد.^[129] این دستگیری شامل تصرف "صلیب واقعی" بود.نحمیا بن حوشیل به فرمانداری اورشلیم منصوب شد.در سال 628، پس از قرارداد صلح با بیزانس، کاواد دوم فلسطین و صلیب واقعی را به بیزانسی ها بازگرداند.این منجر به قتل عام یهودیان در جلیل و اورشلیم توسط هراکلیوس شد که همچنین ممنوعیت ورود یهودیان به اورشلیم را تجدید کرد.^[130]