آغا محمد خان پس از خروج پیروز از جنگ داخلی پس از مرگ آخرین پادشاه زند، بر اتحاد و تمرکز ایران متمرکز شد.^[54] پس از نادرشاه و دوران زند، سرزمین های قفقاز ایران خانات های مختلفی را تشکیل داده بود.هدف آغا محمدخان الحاق مجدد این مناطق به ایران بود و آنها را مانند هر سرزمین اصلی یکپارچه می دانست.یکی از اهداف اصلی او گرجستان بود که به نظر او برای حاکمیت ایران حیاتی بود.او از پادشاه گرجستان، ارکل دوم، خواست از معاهده 1783 خود با روسیه دست بردارد و فرمانروایی ایران را دوباره بپذیرد، اما ارکل دوم نپذیرفت.در پاسخ، آغا محمد خان لشکرکشی به راه انداخت و با موفقیت مجدداً کنترل ایران را بر مناطق مختلف قفقاز از جمله ارمنستان ، آذربایجان ، داغستان و ایغدیر امروزی به دست آورد.او در نبرد کرتسانیسی پیروز شد که منجر به تصرف تفلیس و انقیاد مؤثر گرجستان شد.^[55]در سال 1796 آغا محمد خان پس از بازگشت از لشکرکشی موفق خود به گرجستان و انتقال هزاران اسیر گرجی به ایران، رسماً به عنوان شاه تاج گذاری کرد.سلطنت او با ترور در سال 1797 در حالی که برنامه ریزی یک لشکرکشی دیگر علیه گرجستان را انجام می داد، کوتاه شد.پس از مرگ او، روسیه بر بی ثباتی منطقه ای سرمایه گذاری کرد.در سال 1799 نیروهای روسی وارد تفلیس شدند و تا سال 1801 گرجستان را ضمیمه خود کردند.این گسترش آغاز جنگ های روسیه و ایران (1804-1813 و 1826-1828) بود که منجر به واگذاری نهایی گرجستان شرقی، داغستان، ارمنستان و آذربایجان به روسیه شد، همانطور که در عهدنامه های گلستان و ترکمانچای تصریح شده بود.به این ترتیب سرزمین های شمال رود ارس شامل آذربایجان معاصر، گرجستان شرقی، داغستان و ارمنستان تا زمان اشغال قرن نوزدهم توسط روسیه بخشی از ایران باقی ماندند.^[56]به دنبال جنگ‌های روسیه و ایران و از دست دادن رسمی سرزمین‌های وسیع در قفقاز، تغییرات جمعیتی قابل توجهی رخ داد.جنگ های 1804-1814 و 1826-1828 منجر به مهاجرت های بزرگی به نام مهاجران قفقازی به سرزمین اصلی ایران شد.این جنبش شامل اقوام مختلفی مانند آیروم ها، قراپاپاق ها، چرکس ها، شیعه لزگین ها و سایر مسلمانان ماوراء قفقاز بود.^[57] پس از نبرد گنجه در سال 1804، بسیاری از آیروم‌ها و قراپاپاق‌ها در تبریز، ایران اسکان داده شدند.در طول جنگ 1804-1813 و بعداً در طی درگیری های 1826-1828، تعداد بیشتری از این گروه ها از سرزمین های تازه فتح شده روسیه به سولدوز در استان آذربایجان غربی کنونی ایران مهاجرت کردند.^[58] فعالیت‌های نظامی روسیه و مسائل حکومتی در قفقاز، تعداد زیادی از مسلمانان و برخی از مسیحیان گرجی را به تبعید در ایران سوق داد.^[59]از سال 1864 تا اوایل قرن بیستم، اخراج‌ها و مهاجرت‌های داوطلبانه بیشتر به دنبال پیروزی روسیه در جنگ قفقاز اتفاق افتاد.این امر منجر به تحرکات بیشتر مسلمانان قفقاز از جمله آذربایجانی ها، سایر مسلمانان ماوراء قفقاز و گروه های شمال قفقاز مانند چرکس ها، شیعه لزگین ها و لک ها به سمت ایران و ترکیه شد.^[57] بسیاری از این مهاجران نقش مهمی در تاریخ ایران ایفا کردند و بخش مهمی از بریگاد قزاق ایرانی را تشکیل دادند که در اواخر قرن نوزدهم تأسیس شد.^[60]عهدنامه ترکمنچای در سال 1828 نیز اسکان مجدد ارامنه از ایران به سرزمین های تازه تحت کنترل روسیه را تسهیل کرد.^[61] از نظر تاریخی، ارامنه در ارمنستان شرقی اکثریت بودند، اما به دنبال لشکرکشی‌های تیمور و تسلط اسلامی متعاقب آن به اقلیت تبدیل شدند.^[62] تهاجم روسیه به ایران ترکیب قومی را بیشتر تغییر داد و تا سال 1832 منجر به اکثریت ارمنی در ارمنستان شرقی شد. این تغییر جمعیتی پس از جنگ کریمه و جنگ روسیه و ترکیه 1877-1878 بیشتر شد.^[63]در این دوره، ایران تعامل دیپلماتیک غرب در دوران فتحعلی شاه را افزایش داد.نوه او، محمدشاه قاجار، تحت تأثیر روسیه، برای تصرف هرات ناکام ماند.ناصرالدین شاه قاجار، پس از محمد شاه، فرمانروایی موفق تری بود و اولین بیمارستان مدرن ایران را بنیان نهاد.^[64]قحطی بزرگ ایران در سال‌های 1870-1871 یک رویداد فاجعه‌بار بود که منجر به مرگ حدود دو میلیون نفر شد.^[65] این دوره گذار مهمی در تاریخ ایران بود که منجر به انقلاب مشروطه ایران علیه شاه در اواخر قرن 19 و اوایل قرن 20 شد.با وجود چالش‌ها، شاه در سال 1906 قانون اساسی محدودی را پذیرفت و ایران را به سلطنت مشروطه تبدیل کرد و منجر به تشکیل اولین مجلس (پارلمان) در 7 اکتبر 1906 شد.كشف نفت در خوزستان در سال 1908 توسط انگليس‌ها باعث تشديد منافع خارجي در ايران، به ويژه توسط امپراتوري بريتانيا (مربوط به ويليام ناكس دارسي و شركت نفت انگليس و ايران، BP) شد.این دوره همچنین با رقابت ژئوپلیتیکی بین انگلستان و روسیه بر سر ایران، معروف به بازی بزرگ، مشخص شد.کنوانسیون انگلیس و روسیه در سال 1907 ایران را به مناطق نفوذ تقسیم کرد و حاکمیت ملی آن را تضعیف کرد.در طول جنگ جهانی اول ، ایران توسط نیروهای بریتانیا، عثمانی و روسیه اشغال شد، اما تا حد زیادی بی طرف باقی ماند.پس از جنگ جهانی اول و انقلاب روسیه ، بریتانیا تلاش کرد تا تحت الحمایه ایران قرار گیرد که در نهایت شکست خورد.بی‌ثباتی در ایران که با جنبش مشروطیت گیلان و تضعیف حکومت قاجار برجسته شد، زمینه را برای ظهور رضاخان، بعدها رضاشاه پهلوی، و تأسیس سلسله پهلوی در سال 1925 هموار کرد. کودتای نظامی مهم 1921 به رهبری توسط رضاخان از تیپ قزاق ایرانی و سید ضیاءالدین طباطبایی، در ابتدا به جای سرنگونی مستقیم سلطنت قاجار، کنترل مقامات دولتی بود.^[66] نفوذ رضاخان افزایش یافت و تا سال 1925، پس از نخست وزیری، اولین شاه خاندان پهلوی شد.