یونانی ها تا سال 1460 در پلوپونز مقاومت کردند و ونیزی ها و ژنوئی ها به برخی از جزایر چسبیده بودند، اما در اوایل قرن شانزدهم تمام سرزمین اصلی یونان و بیشتر جزایر دریای اژه توسط امپراتوری عثمانی مستعمره شدند، به استثنای چندین شهر بندری هنوز. توسط ونیزی ها (نافلیو، مونومواسیا، پارگا و متون مهم ترین آنها) نگهداری می شود.جزایر سیکلادس، در وسط دریای اژه، در سال 1579 به طور رسمی توسط عثمانی‌ها ضمیمه شدند، اگرچه از دهه 1530 تحت وضعیت رعیت بودند.قبرس در سال 1571 سقوط کرد و ونیزی ها کرت را تا سال 1669 حفظ کردند. جزایر یونی به استثنای کفالونیا (از 1479 تا 1481 و از 1485 تا 1500) هرگز توسط عثمانی ها اداره نشدند و تحت حاکمیت جمهوری ونیز باقی ماندند. .در جزایر یونیایی بود که با ایجاد جمهوری جزایر هفتگانه در سال 1800، دولت مدرن یونان در آنجا متولد شد.یونان عثمانی یک جامعه چند قومیتی بود.با این حال، تصور مدرن غربی از چندفرهنگ گرایی، اگرچه در نگاه اول به نظر می رسد با نظام ارزن مطابقت دارد، اما با نظام عثمانی ناسازگار تلقی می شود.به یونانیان از یک طرف امتیازات و آزادی داده شد.از سوی دیگر آنها در معرض ظلم و ستمی قرار گرفتند که ناشی از بدرفتاری پرسنل اداری آن بود که دولت مرکزی فقط کنترل از راه دور و ناقصی بر آن داشت.با ورود عثمانی ها دو مهاجرت یونانی اتفاق افتاد.اولین مهاجرت متضمن مهاجرت روشنفکران یونان به اروپای غربی و تأثیرگذاری بر ظهور رنسانس بود.مهاجرت دوم مستلزم ترک دشت های شبه جزیره یونان و اسکان مجدد یونانیان در کوهستان بود.نظام ارزن با جداسازی مردمان مختلف در امپراتوری عثمانی بر اساس مذهب به انسجام قومی یونانیان ارتدوکس کمک کرد.یونانی‌هایی که در دوران حکومت عثمانی در دشت‌ها زندگی می‌کردند، یا مسیحی بودند که با بار حاکمیت خارجی سروکار داشتند یا مسیحیان رمزپایه (مسلمانان یونانی که تمرین‌کنندگان مخفی ایمان ارتدوکس یونانی بودند).برخی از یونانیان برای اجتناب از مالیات های سنگین و در عین حال هویت خود را با حفظ پیوندهای خود با کلیسای ارتدکس یونان، مسیحیان رمزنگاری کردند.با این حال، یونانی‌هایی که به اسلام گرویدند و مسیحی رمزی نبودند، در نظر یونانیان ارتدوکس «ترک» (مسلمان) تلقی می‌شدند، حتی اگر زبان ترکی را قبول نداشتند.عثمانی ها تا اوایل قرن نوزدهم بر بیشتر یونان حکومت می کردند.اولین دولت خودگردان، از قرون وسطی، یونان در طول جنگ های انقلابی فرانسه، در سال 1800، 21 سال قبل از وقوع انقلاب یونان در سرزمین اصلی یونان، تأسیس شد.این جمهوری هفت جزیره با پایتختی کورفو بود.