لشکرکشی فرانسوی ها به مصر ، ظاهراً برای حمایت از بندر عثمانی و سرکوبممالیک ، توسط ناپلئون بناپارت رهبری می شد.اعلامیه بناپارت در اسکندریه بر برابری، شایستگی و احترام به اسلام تأکید داشت، در تضاد با فقدان فرضی ممالیک از این خصوصیات.او قول دسترسی آزاد به همه مصری ها برای پست های اداری را داد و برای نشان دادن پایبندی فرانسه به اسلام، سرنگونی قدرت پاپ را پیشنهاد کرد.^[102]با این حال، مصری ها نسبت به نیات فرانسوی ها بدبین بودند.پس از پیروزی فرانسه در نبرد امبابه (نبرد اهرام)، که در آن نیروهای مراد بیگ و ابراهیم بیگ شکست خوردند، شورای شهرداری متشکل از شیوخ، ممالیک و اعضای فرانسوی در قاهره تشکیل شد که عمدتاً برای اجرای احکام فرانسه خدمت می کرد.^[102]شکست ناپذیری فرانسه پس از شکست ناوگان آنها در نبرد نیل و شکست در مصر علیا مورد تردید قرار گرفت.تنش ها با وضع مالیات بر خانه تشدید شد و منجر به شورش در قاهره در اکتبر 1798 شد. ژنرال فرانسوی دوپوی کشته شد، اما بناپارت و ژنرال کلبر به سرعت قیام را سرکوب کردند.استفاده فرانسوی ها از مسجد الازهر به عنوان اصطبل باعث توهین عمیق شد.^[102]لشکرکشی بناپارت به سوریه در سال 1799 به طور موقت کنترل فرانسه را در مصر تضعیف کرد.پس از بازگشت، او حمله مشترک مراد بیگ و ابراهیم بیگ را شکست داد و بعداً ارتش ترک را در ابوکر درهم شکست.بناپارت سپس مصر را ترک کرد و کلبر را به عنوان جانشین خود منصوب کرد.^[102] کلبر با یک وضعیت نامطمئن روبرو شد.پس از اینکه توافقات اولیه برای تخلیه فرانسه توسط بریتانیا مسدود شد، قاهره شورش هایی را تجربه کرد که کلبر آنها را سرکوب کرد.او با مراد بیگ مذاکره کرد و کنترل مصر علیا را به او داد، اما کلبر در ژوئن 1800 ترور شد ^{[. 102]}ژنرال ژاک-فرانسوا منو جانشین کلبر شد و تلاش کرد تا مورد پسند مسلمانان قرار گیرد اما با اعلام یک تحت الحمایه فرانسه، مصریان را از خود دور کرد.در سال 1801، نیروهای انگلیسی و ترک در ابوقیر فرود آمدند که منجر به شکست فرانسه شد.ژنرال بلیارد در ماه مه قاهره را تسلیم کرد و منو در ماه اوت در اسکندریه تسلیم شد و به اشغال فرانسه پایان داد.^[102] میراث ماندگار اشغال فرانسوی ها "Description de l'Egypte" بود، مطالعه ای مفصل درباره مصر توسط محققان فرانسوی، که کمک قابل توجهی به حوزه مصر شناسی کرد.^[102]