Krigsudbruddet i Stillehavet i december 1941 fandt briterne i Malaya fuldstændig uforberedte.I løbet af 1930'erne havde de, i forventning om den stigende trussel fra japansk flådemagt, bygget en stor flådebase i Singapore , men havde aldrig forudset en invasion af Malaya fra nord.Der var stort set ingen britisk luftkapacitet i Fjernøsten.Japanerne var således i stand til at angribe fra deres baser i fransk Indo-Kina ustraffet, og trods modstand fra britiske, australske ogindiske styrker overdøvede de Malaya på to måneder.Singapore, uden landforsvar, ingen luftdækning og ingen vandforsyning, blev tvunget til at overgive sig i februar 1942. Britiske North Borneo og Brunei var også besat.Den japanske koloniregering betragtede malayerne fra et panasiatisk synspunkt og fremmede en begrænset form for malaysisk nationalisme.Den malaysiske nationalist Kesatuan Melayu Muda, fortalere for Melayu Raya, samarbejdede med japanerne ud fra den forståelse, at Japan ville forene Hollandsk Ostindien, Malaya og Borneo og give dem uafhængighed.^[80] Besættelsesmagten betragtede dogkineserne som fjendtlige udlændinge og behandlede dem med stor hårdhed: under den såkaldte sook ching (rensning gennem lidelse) blev op mod 80.000 kinesere i Malaya og Singapore dræbt.Kineserne, ledet af det malaysiske kommunistparti (MCP), blev rygraden i den malaysiske folks anti-japanske hær (MPAJA).Med britisk bistand blev MPAJA den mest effektive modstandsstyrke i de besatte asiatiske lande.Selvom japanerne hævdede, at de støttede malaysisk nationalisme, fornærmede de malaysisk nationalisme ved at tillade deres allierede Thailand at genannektere de fire nordlige stater, Kedah, Perlis, Kelantan og Terengganu, der var blevet overført til British Malaya i 1909. Tabet af Malayas eksportmarkeder producerede hurtigt massearbejdsløshed, som ramte alle racer og gjorde japanerne stadig mere upopulære.^[81]