Mezi 1258 a 1291, region čelil zmatku jako hranice mezi mongolskými útočníky , občas se spojil s křižáky , amamlúkyEgypta .Tento konflikt vedl k výraznému snížení počtu obyvatel a ekonomickým potížím.Mamlukové byli většinou tureckého původu a byli koupeni jako děti a poté vycvičeni ve válce.Byli vysoce ceněnými válečníky, kteří vládcům zajistili nezávislost na původní aristokracii.V Egyptě převzali kontrolu nad královstvím po neúspěšné invazi křižáků (sedmá křížová výprava).Mamlúkové ovládli Egypt a rozšířili svou vládu na Palestinu.První mamlúcký sultán, Qutuz, porazil Mongoly v bitvě u Ain Jalut, ale byl zavražděn Baibary, kteří ho následovali a odstranili většinu křižáckých základen.Mamlukové ovládali Palestinu až do roku 1516, považovali ji za součást Sýrie.V Hebronu Židé čelili omezením v Jeskyni patriarchů, významném místě v judaismu, omezení, které přetrvávalo až do Šestidenní války.^[146]Al-Ashraf Khalil, mamlúcký sultán, dobyl poslední křižáckou pevnost v roce 1291. Mamlukové, pokračující v ajjúbovské politice, strategicky zničili pobřežní oblasti od Tyru po Gazu, aby zabránili potenciálním křižáckým útokům na moři.Tato devastace vedla k dlouhodobému vylidňování a hospodářskému úpadku v těchto oblastech.^[147]Židovská komunita v Palestině zaznamenala omlazení s přílivem sefardských Židů po jejich vyhnání zeŠpanělska v roce 1492 a pronásledování v Portugalsku v roce 1497. Za mamlúcké a později osmanské nadvlády se tito sefardští Židé usazovali převážně v městských oblastech jako Safed a Jeruzalém, což je v kontrastu s převážně venkovská židovská komunita Musta'arbi.^[148]