帖木儿王朝的势力在 15 世纪下半叶迅速衰落,很大程度上是由于帖木儿帝国瓜分帝国的传统。阿克·库云鲁从帖木儿手中征服了伊朗的大部分地区,到了 1500 年,分裂且饱受战争蹂躏的帖木儿帝国失去了对其大部分领土的控制,并在接下来的几年里在各条战线上被有效地击退。波斯、高加索、美索不达米亚和安纳托利亚东部迅速落入什叶派
萨法维帝国之手,并在接下来的十年里由沙阿·伊斯梅尔一世保卫。中亚的大部分土地都被穆罕默德·昔班尼 (Muhammad Shaybani) 的乌兹别克人占领,他于 1505 年和 1507 年征服了撒马尔罕和赫拉特等主要城市,并建立了布哈拉汗国。1526 年,巴布尔在喀布尔建立了
莫卧儿帝国。巴布尔是帖木儿父亲的后裔,也可能是
成吉思汗母亲的后裔。他建立的王朝虽然直接继承于帖木儿王朝,但通常被称为莫卧儿王朝。到了 17 世纪,莫卧儿帝国统治了
印度大部分地区,但最终在接下来的世纪中衰落。1857 年叛乱后,
大英帝国废除了莫卧儿王朝剩余的名义统治,帖木儿王朝最终宣告结束。