Vào ngày 1 tháng 9 năm 1939, Hitler ra lệnh xâm lược Ba Lan, sự kiện mở đầu Thế chiến II .Ba Lan đã ký một liên minh quân sự Anh-Ba Lan gần đây nhất vào ngày 25 tháng 8 và đã liên minh với Pháp từ lâu.Hai cường quốc phương Tây sớm tuyên chiến với Đức, nhưng họ hầu như không hoạt động (giai đoạn đầu của cuộc xung đột được gọi là Chiến tranh giả mạo) và không mở rộng viện trợ cho quốc gia bị tấn công.Đội hình Wehrmacht vượt trội về kỹ thuật và số lượng nhanh chóng tiến về phía đông và tham gia ồ ạt vào việc sát hại thường dân Ba Lan trên toàn bộ lãnh thổ bị chiếm đóng.Vào ngày 17 tháng 9, cuộc xâm lược Ba Lan của Liên Xô bắt đầu.Liên Xô nhanh chóng chiếm hầu hết các khu vực phía đông Ba Lan là nơi sinh sống của một bộ phận thiểu số đáng kể người Ukraine và Belarus.Hai cường quốc xâm lược đã chia đất nước như họ đã thỏa thuận trong các điều khoản bí mật của Hiệp ước Molotov–Ribbentrop.Các quan chức chính phủ hàng đầu của Ba Lan và bộ chỉ huy quân sự cấp cao đã chạy trốn khỏi vùng chiến sự và đến Đầu cầu Romania vào giữa tháng 9.Sau khi Liên Xô gia nhập, họ tìm nơi ẩn náu ở Romania.Ba Lan do Đức chiếm đóng được chia từ năm 1939 thành hai khu vực: khu vực Ba Lan bị Đức Quốc xã sáp nhập trực tiếp vào Đế chế Đức và khu vực được cai trị bởi cái gọi là Chính phủ chiếm đóng chung.Người Ba Lan đã thành lập một phong trào kháng chiến ngầm và một chính phủ Ba Lan lưu vong hoạt động đầu tiên ởParis , sau đó, từ tháng 7 năm 1940, ở London.Quan hệ ngoại giao Ba Lan-Liên Xô, bị cắt đứt từ tháng 9 năm 1939, đã được nối lại vào tháng 7 năm 1941 theo thỏa thuận Sikorski–Mayski, tạo điều kiện cho việc thành lập quân đội Ba Lan (Quân đội Anders) tại Liên Xô.Vào tháng 11 năm 1941, Thủ tướng Sikorski bay đến Liên Xô để đàm phán với Stalin về vai trò của nước này trên mặt trận Xô-Đức, nhưng người Anh muốn những người lính Ba Lan ở Trung Đông.Stalin đồng ý, và quân đội được sơ tán đến đó.Các tổ chức thành lập Nhà nước Ngầm Ba Lan hoạt động ở Ba Lan trong suốt cuộc chiến đều trung thành và chính thức dưới quyền của chính phủ lưu vong Ba Lan, hoạt động thông qua Phái đoàn Chính phủ tại Ba Lan.Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, hàng trăm ngàn người Ba Lan đã gia nhập Quân đội Ba Lan ngầm (Armia Krajowa), một phần của Lực lượng vũ trang Ba Lan của chính phủ lưu vong.Khoảng 200.000 người Ba Lan đã chiến đấu ở Mặt trận phía Tây trong Lực lượng vũ trang Ba Lan ở phía Tây trung thành với chính phủ lưu vong, và khoảng 300.000 người trong Lực lượng vũ trang Ba Lan ở phía Đông dưới sự chỉ huy của Liên Xô ở Mặt trận phía Đông.Phong trào kháng chiến thân Liên Xô ở Ba Lan, do Đảng Công nhân Ba Lan lãnh đạo, hoạt động mạnh từ năm 1941. Nó bị phản đối bởi Lực lượng Vũ trang Quốc gia theo chủ nghĩa dân tộc cực đoan đang dần hình thành.Bắt đầu từ cuối năm 1939, hàng trăm nghìn người Ba Lan từ các khu vực do Liên Xô chiếm đóng đã bị trục xuất và đưa về phía đông.Trong số các quân nhân cấp cao và những người khác bị Liên Xô coi là bất hợp tác hoặc có khả năng gây hại, khoảng 22.000 người đã bị họ bí mật hành quyết trong vụ thảm sát Katyn.Vào tháng 4 năm 1943, Liên Xô cắt đứt quan hệ đang xấu đi với chính phủ lưu vong Ba Lan sau khi quân đội Đức thông báo phát hiện ra những ngôi mộ tập thể chứa các sĩ quan quân đội Ba Lan bị sát hại.Liên Xô tuyên bố rằng người Ba Lan đã thực hiện một hành động thù địch bằng cách yêu cầu Hội Chữ thập đỏ điều tra những báo cáo này.Từ năm 1941, việc thực hiện Giải pháp cuối cùng của Đức Quốc xã bắt đầu và Holocaust ở Ba Lan được tiến hành bằng vũ lực.Warsaw là nơi diễn ra Cuộc nổi dậy Khu ổ chuột Warsaw vào tháng 4 đến tháng 5 năm 1943, được kích hoạt bởi việc thanh lý Khu ổ chuột Warsaw bởi các đơn vị SS của Đức.Việc xóa bỏ các khu ổ chuột của người Do Thái ở Ba Lan do Đức chiếm đóng đã diễn ra ở nhiều thành phố.Khi người Do Thái đang bị loại bỏ để bị tiêu diệt, các cuộc nổi dậy đã được Tổ chức Chiến đấu Do Thái và những người Do Thái nổi dậy tuyệt vọng khác tiến hành chống lại những khó khăn bất khả thi.