Bắt đầu từ những năm 1480, Ava liên tục phải đối mặt với các cuộc nổi loạn trong nội bộ và các cuộc tấn công từ bên ngoài từ bang Shan và bắt đầu tan rã.Năm 1510, Taungoo, nằm ở góc đông nam xa xôi của vương quốc Ava, cũng tuyên bố độc lập.^[39] Khi Liên bang các bang Shan chinh phục Ava vào năm 1527, nhiều người tị nạn chạy trốn về phía đông nam đến Taungoo, một vương quốc nhỏ không giáp biển trong hòa bình, và một vương quốc được bao quanh bởi các vương quốc thù địch lớn hơn.Taungoo, được lãnh đạo bởi vị vua đầy tham vọng Tabinshwehti và phó tướng Bayinnaung, sẽ tiếp tục thống nhất các vương quốc nhỏ đã tồn tại kể từ khi Đế chế Pagan sụp đổ và thành lập đế chế lớn nhất trong lịch sử Đông Nam Á.Đầu tiên, vương quốc mới nổi đánh bại Hanthawaddy hùng mạnh hơn trong Chiến tranh Taungoo–Hanthawaddy (1534–41).Tabinshwehti chuyển thủ đô đến Bago mới chiếm được vào năm 1539. Taungoo đã mở rộng quyền lực của mình lên tới Pagan vào năm 1544 nhưng không thể chinh phục Arakan vào năm 1545–47 và Xiêm vào năm 1547–49.Người kế nhiệm của Tabinshwehti là Bayinnaung tiếp tục chính sách bành trướng, chinh phục Ava vào năm 1555, các bang Nearer/Cis-Salween Shan (1557), Lan Na (1558), Manipur (1560), Farther/Trans-Salween Shan (1562–63), Xiêm (1564, 1569), và Lan Xang (1565–74), đồng thời đưa phần lớn miền Tây và miền Trung lục địa Đông Nam Á dưới sự cai trị của ông.Bayinnaung đã thiết lập một hệ thống hành chính lâu dài nhằm giảm bớt quyền lực của các thủ lĩnh Shan cha truyền con nối, và đưa phong tục Shan phù hợp với các chuẩn mực của vùng đất thấp.^[40] Nhưng ông không thể tái tạo một hệ thống hành chính hiệu quả ở khắp mọi nơi trong đế chế xa xôi của mình.Đế chế của ông là một tập hợp lỏng lẻo của các vương quốc có chủ quyền trước đây, những vị vua trung thành với ông chứ không phải vương quốc Taungoo.Đế chế mở rộng quá mức, được gắn kết với nhau bởi các mối quan hệ bảo trợ-khách hàng, đã suy tàn ngay sau khi ông qua đời vào năm 1581. Xiêm ly khai vào năm 1584 và gây chiến với Miến Điện cho đến năm 1605. Đến năm 1597, vương quốc này đã mất tất cả tài sản của mình, bao gồm cả Taungoo, quê hương của triều đại.Năm 1599, lực lượng Arakan được hỗ trợ bởi lính đánh thuê Bồ Đào Nha và liên minh với lực lượng nổi loạn Taungoo, đã cướp phá Pegu.Đất nước rơi vào tình trạng hỗn loạn, mỗi vùng đều có một vị vua.Lính đánh thuê người Bồ Đào Nha Filipe de Brito e Nicote đã nhanh chóng nổi dậy chống lại chủ nhân người Ả Rập của mình và thiết lập quyền cai trị của người Bồ Đào Nha được Goa hậu thuẫn tại Thanlyin vào năm 1603.Mặc dù đây là khoảng thời gian đầy biến động đối với Myanmar, việc mở rộng Taungoo đã làm tăng phạm vi tiếp cận quốc tế của quốc gia này.Các thương gia mới giàu có từ Myanmar đã buôn bán đến tận Rajahnate của Cebu ở Philippines , nơi họ bán Đường Miến Điện (śarkarā) để lấy vàng Cebuano.^[41] Người Philippines cũng có cộng đồng thương nhân ở Myanmar, nhà sử học William Henry Scott, trích dẫn bản thảo tiếng Bồ Đào Nha Summa Orientalis, lưu ý rằng Mottama ở Miến Điện (Myanmar) có sự hiện diện đông đảo của các thương nhân đến từ Mindanao, Philippines.^[42] Người Lucoes, đối thủ của nhóm người Philippines khác, người Mindanao, đến từ đảo Luzon, cũng được thuê làm lính đánh thuê và binh lính cho cả Xiêm (Thái Lan) và Miến Điện (Myanmar), ở Miến Điện-Xiêm Chiến tranh, trường hợp tương tự như người Bồ Đào Nha, họ cũng là lính đánh thuê cho cả hai bên.^[43]