Một nghiên cứu về di truyền học châu Á cho thấy con người nguyên thủy ở Đông Á đến từ Đông Nam Á.^[14] Các nhóm bản địa trên bán đảo có thể được chia thành ba dân tộc: người Negritos, người Senoi và người Mã Lai nguyên thủy.^[15] Những cư dân đầu tiên trên bán đảo Mã Lai có lẽ là người Negritos.^[16] Những thợ săn thời kỳ đồ đá giữa này có lẽ là tổ tiên của Semang, một nhóm dân tộc Negrito.^[17] Người Senoi dường như là một nhóm tổng hợp, với khoảng một nửa số dòng DNA ty thể của mẹ có nguồn gốc từ tổ tiên của người Semang và khoảng một nửa đến từ những cuộc di cư của tổ tiên sau này từ Đông Dương.Các học giả cho rằng họ là hậu duệ của những nhà nông nghiệp nói tiếng Nam Á thời kỳ đầu, những người đã mang cả ngôn ngữ và công nghệ của họ đến phần phía nam của bán đảo khoảng 4.000 năm trước.Họ đoàn kết và liên kết với người dân bản địa.^[18] Người Mã Lai nguyên thủy có nguồn gốc đa dạng hơn ^[19] và đã định cư ở Malaysia vào khoảng năm 1000 trước Công nguyên do sự bành trướng của người Nam Đảo.^[20] Mặc dù họ cho thấy một số mối liên hệ với các cư dân khác ở Đông Nam Á ven biển, một số cũng có tổ tiên ở Đông Dương vào khoảng thời kỳ Cực đại băng hà cuối cùng khoảng 20.000 năm trước.Các khu vực ngày nay là Malaysia đã tham gia vào Con đường Ngọc bích trên biển.Mạng lưới thương mại tồn tại trong 3.000 năm, từ năm 2000 trước Công nguyên đến năm 1000 sau Công nguyên.^[21]Các nhà nhân chủng học ủng hộ quan điểm cho rằng người Mã Lai nguyên thủy có nguồn gốc từ khu vực ngày nay là Vân Nam,Trung Quốc .^[22] Tiếp theo đó là sự phân tán sớm vào thời kỳ Holocene qua Bán đảo Mã Lai vào Quần đảo Mã Lai.^[23] Khoảng năm 300 TCN, họ bị người Deutero-Malays đẩy vào đất liền, một dân tộc thuộc thời đại đồ sắt hoặc đồ đồng có nguồn gốc một phần từ người Chăm ở Campuchia và Việt Nam .Nhóm đầu tiên trên bán đảo sử dụng công cụ kim loại, người Deutero-Malays là tổ tiên trực tiếp của người Mã Lai Malaysia ngày nay và mang theo những kỹ thuật canh tác tiên tiến.^[17] Người Mã Lai vẫn bị chia rẽ về mặt chính trị trên khắp quần đảo Mã Lai, mặc dù có chung một nền văn hóa và cấu trúc xã hội.^[24]