Fitna lần thứ nhất, một cuộc nội chiến Hồi giáo lớn đầu tiên, đã dẫn đến những thay đổi đáng kể trong chính quyền Ai Cập.Trong thời kỳ này, Caliph Ali bổ nhiệm Muhammad ibn Abi Bakr làm thống đốc Ai Cập.Tuy nhiên, Amr ibn al-As, ủng hộ nhà Umayyad , đã đánh bại Ibn Abi Bakr vào năm 658 và cai trị Ai Cập cho đến khi ông qua đời vào năm 664. Dưới thời Umayyads, những người theo phe ủng hộ Umayyad như Maslama ibn Mukhallad al-Ansari tiếp tục cai trị Ai Cập cho đến Fitna thứ hai .Trong cuộc xung đột này, chế độ Zubayrid được người Kharijite ủng hộ, không được người Ả Rập địa phương ưa chuộng, đã được thành lập.Umayyad Caliph Marwan I xâm lược Ai Cập vào năm 684, khôi phục quyền kiểm soát của Umayyad và bổ nhiệm con trai ông, Abd al-Aziz, làm thống đốc, người đã cai trị hiệu quả với tư cách phó vương trong 20 năm.^[82]Dưới thời Umayyads, các thống đốc như Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi và Ayyub ibn Sharhabil, được chọn từ giới tinh hoa quân sự địa phương (jund), đã thực hiện các chính sách nhằm gia tăng áp lực lên người Copt và khởi xướng quá trình Hồi giáo hóa.^[83] Điều này dẫn đến một số cuộc nổi dậy của người Coptic do thuế tăng cao, đáng chú ý nhất là vào năm 725. Tiếng Ả Rập trở thành ngôn ngữ chính thức của chính phủ vào năm 706, góp phần hình thành tiếng Ả Rập Ai Cập.Thời kỳ Umayyad kết thúc với các cuộc nổi dậy tiếp theo vào năm 739 và 750.Trong thời kỳ Abbasid , Ai Cập trải qua các đợt thuế mới và các cuộc nổi dậy tiếp theo của người Coptic.Quyết định của Caliph al-Mu'tasim vào năm 834 nhằm tập trung quyền lực và kiểm soát tài chính đã dẫn đến những thay đổi đáng kể, bao gồm cả việc thay thế quân đội Ả Rập địa phương bằng binh lính Thổ Nhĩ Kỳ.Thế kỷ thứ 9 chứng kiến ​​dân số Hồi giáo vượt qua người Cơ đốc giáo Coptic , với quá trình Ả Rập hóa và Hồi giáo hóa ngày càng gia tăng."Tình trạng hỗn loạn ở Samarra" ở trung tâm Abbasid đã tạo điều kiện cho sự trỗi dậy của các phong trào cách mạng Alid ở Ai Cập.^[84]Thời kỳ Tulunid bắt đầu vào năm 868 khi Ahmad ibn Tulun được bổ nhiệm làm thống đốc, đánh dấu sự chuyển hướng hướng tới độc lập chính trị của Ai Cập.Bất chấp các cuộc tranh giành quyền lực nội bộ, Ibn Tulun đã thiết lập một nền cai trị độc lập trên thực tế, tích lũy của cải đáng kể và mở rộng ảnh hưởng tới Levant.Tuy nhiên, những người kế vị ông phải đối mặt với xung đột nội bộ và các mối đe dọa từ bên ngoài, dẫn đến việc Abbasid tái chiếm Ai Cập vào năm 905. ^[85]Ai Cập thời hậu Tulunid chứng kiến ​​xung đột tiếp diễn và sự trỗi dậy của những nhân vật có ảnh hưởng như chỉ huy Thổ Nhĩ Kỳ Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Cái chết của ông vào năm 946 dẫn đến sự kế vị hòa bình của con trai ông là Unujur và sự cai trị sau đó của Kafur.Tuy nhiên, cuộc chinh phục Fatimid năm 969 đã kết thúc thời kỳ này, mở ra một kỷ nguyên mới của lịch sử Ai Cập.^[86]