1997 کے انتخابات میں، قدامت پسند پارٹی نے نمایاں اکثریت حاصل کی، جس سے وہ وزیراعظم کے اختیارات پر چیک اینڈ بیلنس کو کم کرنے کے لیے آئین میں ترمیم کر سکیں۔نواز شریف کو صدر فاروق لغاری، چیئرمین جوائنٹ چیفس آف اسٹاف کمیٹی جنرل جہانگیر کرامت، چیف آف نیول اسٹاف ایڈمرل فصیح بخاری اور چیف جسٹس سجاد علی شاہ جیسی اہم شخصیات کی جانب سے ادارہ جاتی چیلنجز کا سامنا تھا۔شریف نے کامیابی کے ساتھ ان چیلنجوں کا مقابلہ کیا، جس کے نتیجے میں چاروں نے استعفیٰ دے دیا، چیف جسٹس شاہ نے سپریم کورٹ پر شریف کے حامیوں کے ہنگامہ آرائی کے بعد استعفیٰ دے دیا۔بھارت کے ساتھ کشیدگی 1998 میں بھارتی ایٹمی تجربات (آپریشن شکتی) کے بعد بڑھ گئی۔اس کے جواب میں، شریف نے کابینہ کی دفاعی کمیٹی کا اجلاس بلایا اور اس کے بعد چاغی کی پہاڑیوں میں پاکستان کے اپنے جوہری تجربات کا حکم دیا۔یہ کارروائی، جب کہ بین الاقوامی سطح پر مذمت کی گئی، مقامی سطح پر مقبول تھی اور ہندوستانی سرحد کے ساتھ فوجی تیاریوں میں اضافہ ہوا۔جوہری تجربات کے بعد بین الاقوامی تنقید پر شریف کے سخت ردعمل میں جوہری پھیلاؤ کے لیے بھارت کی مذمت اورجاپان میں جوہری ہتھیاروں کے تاریخی استعمال پر امریکہ پر تنقید شامل تھی۔دنیا نے، [بھارت] پر دباؤ ڈالنے کے بجائے... تباہ کن راستہ اختیار نہ کرنے کے لیے... بغیر کسی قصور کے [پاکستان] پر ہر قسم کی پابندیاں عائد کر دیں...!اگر جاپان کی اپنی جوہری صلاحیت ہوتی...ان کی قیادت میں پاکستان ساتویں جوہری ہتھیار رکھنے والی اور مسلم دنیا کی پہلی ریاست بن گئی۔جوہری ترقی کے علاوہ، شریف کی حکومت نے پاکستان انوائرمنٹل پروٹیکشن ایجنسی قائم کرکے ماحولیاتی پالیسیوں کو نافذ کیا۔بھٹو کی ثقافتی پالیسیوں کو جاری رکھتے ہوئے، شریف نے میڈیا پالیسی میں معمولی تبدیلی کی نشاندہی کرتے ہوئے، بھارتی میڈیا تک کچھ رسائی کی اجازت دی۔