ในปีพ.ศ. 2490 ปากีสถานกลายเป็นประเทศใหม่โดยมีเลียควอต อาลี ข่านเป็นนายกรัฐมนตรีคนแรก และมูฮัมหมัด อาลี จินนาห์เป็นผู้ว่าการรัฐและประธานรัฐสภาจินนาห์ปฏิเสธข้อเสนอของลอร์ดเมานต์แบตเทนที่จะเป็นผู้สำเร็จราชการแทนทั้ง อินเดีย และปากีสถาน เป็นผู้นำประเทศจนกระทั่งถึงแก่อสัญกรรมในปี พ.ศ. 2491 ภายใต้การนำของเขา ปากีสถานก้าวไปสู่การเป็นรัฐอิสลาม โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้วยการแนะนำการมติวัตถุประสงค์โดยนายกรัฐมนตรี ข่านในปี พ.ศ. 2492 เน้นย้ำถึงอธิปไตยของอัลลอฮ์การลงมติวัตถุประสงค์ประกาศว่าอำนาจอธิปไตยเหนือจักรวาลทั้งหมดเป็นของอัลลอฮ์ผู้ทรงอำนาจ^[5]ปีแรก ๆ ของปากีสถานก็เห็นการอพยพที่สำคัญจากอินเดีย โดยเฉพาะการาจี ^[6] เมืองหลวงแห่งแรกเพื่อเสริมสร้างโครงสร้างพื้นฐานทางการเงินของปากีสถาน รัฐมนตรีกระทรวงการคลัง วิกเตอร์ เทิร์นเนอร์ ได้ดำเนินนโยบายการเงินฉบับแรกของประเทศซึ่งรวมถึงการจัดตั้งสถาบันสำคัญๆ เช่น ธนาคารของรัฐ สำนักงานสถิติกลาง และคณะกรรมการสรรพากรของรัฐบาลกลาง โดยมีเป้าหมายเพื่อเพิ่มขีดความสามารถของประเทศในด้านการเงิน ภาษี และการจัดเก็บรายได้^[7] อย่างไรก็ตาม ปากีสถานประสบปัญหาสำคัญกับอินเดียในเดือนเมษายน พ.ศ. 2491 อินเดียตัดน้ำประปาไปยังปากีสถานจากสำนักงานใหญ่ของคลองสองแห่งในรัฐปัญจาบ ส่งผลให้ความตึงเครียดระหว่างทั้งสองประเทศรุนแรงขึ้นนอกจากนี้ ในตอนแรกอินเดียระงับส่วนแบ่งทรัพย์สินและเงินทุนของปากีสถานจาก United Indiaในที่สุดทรัพย์สินเหล่านี้ก็ได้รับการปล่อยตัวภายใต้แรงกดดันจากมหาตมะ คานธี^[8] ปัญหาดินแดนเกิดขึ้นกับประเทศเพื่อนบ้าน อัฟกานิสถาน เหนือชายแดนปากีสถาน–อัฟกานิสถานในปี พ.ศ. 2492 และกับอินเดียเหนือแนวควบคุมในแคชเมียร์^[9]ประเทศนี้ยังต้องการการยอมรับในระดับสากล โดยอิหร่านเป็นคนแรกที่ยอมรับ แต่เผชิญกับความไม่เต็มใจในช่วงแรกจาก สหภาพโซเวียต และ อิสราเอลปากีสถานติดตามความเป็นผู้นำในโลกมุสลิมอย่างแข็งขันโดยมีเป้าหมายที่จะรวมประเทศมุสลิมเข้าด้วยกันอย่างไรก็ตาม ความทะเยอทะยานนี้ต้องเผชิญกับความกังขาในระดับนานาชาติและในหมู่ชาติอาหรับบางประเทศปากีสถานยังสนับสนุนขบวนการเอกราชต่างๆในโลกมุสลิมในประเทศ นโยบายภาษากลายเป็นประเด็นที่ถกเถียงกัน โดยจินนาห์ประกาศภาษาอูรดูเป็นภาษาประจำรัฐ ซึ่งนำไปสู่ความตึงเครียดในรัฐเบงกอลตะวันออกหลังจากการเสียชีวิตของจินนาห์ในปี พ.ศ. 2491 เซอร์คาวาจา นาซิมุดดินก็กลายเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ และสานต่อความพยายามสร้างชาติในช่วงปีแห่งการก่อสร้างของปากีสถาน