ในศตวรรษที่ 16 ขบวนการปฏิรูปของโปรเตสแตนต์รุกคืบเข้าสู่ศาสนาคริสต์ในโปแลนด์อย่างลึกซึ้ง และผลจาก การปฏิรูป ในโปแลนด์เกี่ยวข้องกับนิกายต่างๆ จำนวนมากนโยบายของความอดทนทางศาสนาที่พัฒนาขึ้นในโปแลนด์เกือบจะไม่เหมือนใครในยุโรปในเวลานั้น และหลายคนที่หลบหนีจากภูมิภาคที่แตกแยกจากความขัดแย้งทางศาสนาได้ลี้ภัยในโปแลนด์รัชกาลของกษัตริย์สมันด์ที่ 1 ผู้เฒ่า (ค.ศ. 1506–1548) และกษัตริย์สมันด์ที่ 2 ออกุสตุส (ค.ศ. 1548–1572) ได้พบเห็นการปลูกฝังวัฒนธรรมและวิทยาศาสตร์อย่างเข้มข้น (ยุคทองของยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาในโปแลนด์) ซึ่งนักดาราศาสตร์ Nicolaus Copernicus (ค.ศ. 1473) –1543) เป็นตัวแทนที่รู้จักกันดีที่สุดJan Kochanowski (1530–1584) เป็นกวีและบุคคลสำคัญทางศิลปะในยุคนั้นในปี ค.ศ. 1525 ในรัชสมัยของพระเจ้าซิกมุนด์ที่ 1 ระเบียบเต็มตัวได้รับการละเว้นทางโลก และดยุกอัลเบิร์ตแสดงความเคารพต่อหน้ากษัตริย์โปแลนด์ในที่สุดมาโซเวียก็ถูกรวมเข้ากับมงกุฎแห่งโปแลนด์โดยสมบูรณ์ในปี ค.ศ. 1529รัชสมัยของพระเจ้าสมันด์ที่ 2 สิ้นสุดยุคยากีลลอน แต่ก่อให้เกิดสหภาพลูบลิน (พ.ศ. 2112) ซึ่งเป็นการบรรลุผลสำเร็จขั้นสุดท้ายของสหภาพกับลิทัวเนียข้อตกลงนี้ย้าย ยูเครน จากราชรัฐลิทัวเนียไปยังโปแลนด์และเปลี่ยนการปกครองของโปแลนด์-ลิทัวเนียให้เป็นสหภาพที่แท้จริง โดยรักษาไว้หลังจากการตายของพระเจ้าซิกมุนด์ที่ 2 ซึ่งไม่มีบุตร ซึ่งการมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันทำให้กระบวนการนี้สำเร็จลุล่วงไปได้ลิโวเนียทางตะวันออกเฉียงเหนือถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของโปแลนด์ในปี 1561 และโปแลนด์เข้าสู่สงครามลิโวเนียกับ ซาร์ดอมแห่งรัสเซียขบวนการเพชฌฆาตซึ่งพยายามตรวจสอบอำนาจการปกครองของรัฐโดยตระกูลเจ้าสัวของโปแลนด์และลิทัวเนีย ถึงจุดสูงสุดที่ Sejm ใน Piotrków ในปี 1562–63ในแนวหน้าทางศาสนา พี่น้องชาวโปแลนด์แยกตัวจากพวกถือลัทธิ และพระคัมภีร์ไบเบิลของโปรเตสแตนต์เบรสต์ได้รับการตีพิมพ์ในปี 1563 นิกายเยซูอิตซึ่งมาถึงในปี 1564 ถูกกำหนดให้สร้างผลกระทบอย่างสำคัญต่อประวัติศาสตร์ของโปแลนด์