เริ่มต้นในทศวรรษที่ 1480 เอวาเผชิญกับกบฏภายในและการโจมตีจากภายนอกอย่างต่อเนื่องจากรัฐฉาน และเริ่มสลายตัวในปี ค.ศ. 1510 ตองอู ซึ่งตั้งอยู่ในมุมตะวันออกเฉียงใต้อันห่างไกลของอาณาจักรเอวา ได้ประกาศเอกราชเช่นกันเมื่อสมาพันธ์รัฐฉานยึดครองเกาะเอวาในปี พ.ศ. 2070 ผู้ลี้ภัยจำนวนมากหนีไปทางตะวันออกเฉียงใต้ไปยังเมืองตองอู ซึ่งเป็นอาณาจักรเล็ก ๆ ที่ไม่มีทางออก ^[สู่] ทะเลอย่างสงบ และอีกแห่งหนึ่งล้อมรอบด้วยอาณาจักรศัตรูที่ใหญ่กว่าตองอูซึ่งนำโดยกษัตริย์ตะบินชเวห์ตีผู้ทะเยอทะยานและรองแม่ทัพบุเรงนอง จะดำเนินการรวมอาณาจักรเล็กๆ ที่มีอยู่ตั้งแต่การล่มสลายของจักรวรรดิพุกาม และก่อตั้งอาณาจักรที่ใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ประการแรก อาณาจักรที่พุ่งพรวดได้เอาชนะหงสาวดีที่มีอำนาจมากกว่าในสงครามตองอู–หงสาวดี (พ.ศ. 1534–41)ตะเบ็งชเวตีย้ายเมืองหลวงไปยังพะโคที่เพิ่งยึดได้ในปี พ.ศ. 2082 ตองอูได้ขยายอำนาจไปจนถึงพุกามภายในปี พ.ศ. 2087 แต่ล้มเหลวในการพิชิตอาระกันในปี พ.ศ. 2088–47 และสยามในปี พ.ศ. 2090–49บุเรงนองผู้สืบต่อจากตะเบ็งชเวตี้ยังคงดำเนินนโยบายในการขยายดินแดน โดยยึดครองแคว้นเอวาในปี ค.ศ. 1555 รัฐฉานใกล้/ซิส-ซัลวีน (ค.ศ. 1557) ลานนา (ค.ศ. 1558) มณีปุระ (ค.ศ. 1560) รัฐฉานไกลออกไป/ทรานส์-สาละวิน (ค.ศ. 1562–63) สยาม (พ.ศ. 2107, 2112) และ ล้านช้าง (พ.ศ. 2108–2117) และนำแผ่นดินใหญ่ทางตะวันตกและตอนกลางของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้มาอยู่ภายใต้การปกครองของเขาบุเรงนองวางระบบการบริหารที่ยั่งยืนซึ่งลดอำนาจของหัวหน้าเผ่าฉานที่สืบทอดทางพันธุกรรม และทำให้ประเพณีของชาวฉานสอดคล้องกับบรรทัดฐานในพื้นที่ลุ่ม^[40] แต่เขาไม่สามารถจำลองระบบการบริหารที่มีประสิทธิภาพทุกที่ในอาณาจักรอันห่างไกลของเขาได้อาณาจักรของเขาเป็นกลุ่มอาณาจักรที่หลวมๆ ของอาณาจักรอธิปไตยในอดีต ซึ่งมีกษัตริย์ภักดีต่อเขา ไม่ใช่อาณาจักรตองอูอาณาจักรที่ขยายออกไปมากเกินไปซึ่งยึดครองโดยความสัมพันธ์ระหว่างผู้อุปถัมภ์และลูกค้า เสื่อมถอยลงไม่นานหลังจากการสวรรคตของเขาในปี พ.ศ. 2124 สยามแตกสลายในปี พ.ศ. 2127 และทำสงครามกับพม่าจนถึงปี พ.ศ. 2148 เมื่อถึงปี พ.ศ. 2140 ราชอาณาจักรได้สูญเสียทรัพย์สินทั้งหมด รวมถึงตองอู บ้านบรรพบุรุษของราชวงศ์ในปี ค.ศ. 1599 กองทัพอาระกันได้รับความช่วยเหลือจากทหารรับจ้างชาวโปรตุเกส และเป็นพันธมิตรกับกองกำลังตองอูที่กบฏ ได้ไล่ Pegu ออกประเทศตกอยู่ในความสับสนวุ่นวาย โดยแต่ละภูมิภาคอ้างว่ามีกษัตริย์ทหารรับจ้างชาวโปรตุเกส ฟิลิเป เด บริโต เอ นิโกเต กบฏทันทีต่อเจ้านายชาวอาระกันของเขา และสถาปนาการปกครองโปรตุเกสที่ได้รับการสนับสนุนจากกัวที่เมืองตันลยินในปี 1603แม้ว่าจะเป็นช่วงเวลาที่วุ่นวายสำหรับเมียนมาร์ แต่การขยายตัวของตองอูก็ทำให้ประเทศเข้าถึงผู้คนได้มากขึ้นพ่อค้าที่ร่ำรวยรายใหม่จากเมียนมาร์ซื้อขายกันจนถึงราชาเนทแห่งเซบูใน ฟิลิปปินส์ โดยขายน้ำตาลพม่า (โปแลนด์) เป็นทองคำเซบูชาว ^{[ฟิลิปปินส์]} ยังมีชุมชนพ่อค้าในเมียนมาร์ นักประวัติศาสตร์ วิลเลียม เฮนรี สก็อตต์ อ้างต้นฉบับภาษาโปรตุเกส ซัมมา โอเรียนทัลลิส ตั้งข้อสังเกตว่า มตตะมะในพม่า (เมียนมาร์) มีพ่อค้าจากมินดาเนา ฟิลิปปินส์อยู่เป็นจำนวนมาก^[42] พวกลูโคซึ่งเป็นคู่แข่งกับกลุ่มชาวฟิลิปปินส์กลุ่มอื่น คือ ชาวมินดาเนาซึ่งมาจากเกาะลูซอนแทน ก็ได้รับการว่าจ้างให้เป็นทหารรับจ้างและทหารให้กับทั้งสยาม (ไทย) และพม่า (เมียนมาร์) ในเขตพม่า-สยาม สงครามกรณีเดียวกับโปรตุเกสซึ่งเป็นทหารรับจ้างทั้งสองฝ่ายด้วย^[43]