พ.ศ. 2091 สมเด็จพระเชษฐาธิราช (กษัตริย์แห่งล้านนา ) ได้ทรงยึดเชียงแสนเป็นเมืองหลวงเชียงใหม่ยังคงมีฝ่ายที่มีอำนาจในศาล และภัยคุกคามจาก พม่า และ อยุธยา ก็เพิ่มมากขึ้นหลังจากบิดาสิ้นพระชนม์ก่อนเวลาอันควร กษัตริย์เชษฐาธิราชก็ทรงละทิ้งล้านนาโดยทิ้งพระมเหสีเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์เมื่อมาถึงล้านช้างแล้ว เชษฐาธิราชก็ทรงสวมมงกุฎเป็นกษัตริย์แห่งล้านช้างการจากไปครั้งนี้ทำให้กลุ่มคู่แข่งในราชสำนักมีกำลังใจมากขึ้น ซึ่งในปี พ.ศ. 2094 ได้ทรงสวมมงกุฎเจ้าเมกุฏเป็นกษัตริย์แห่งล้านนา^[36] พ.ศ. 2096 พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชทรงส่งกองทัพไปยึดล้านนาแต่ก็พ่ายแพ้อีกครั้งในปี พ.ศ. 2098 พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชทรงส่งกองทัพไปยึดล้านนาตามคำสั่งของเสน สุลินฐา และเข้ายึดเชียงแสนได้ในปี พ.ศ. 2099 พม่าภายใต้พระเจ้าบุเรงนองได้รุกรานล้านนาพระเจ้าเมกุฏิแห่งล้านนาทรงยอมจำนนต่อเชียงใหม่โดยไม่มีการสู้รบ แต่กลับคืนสถานะเป็นข้าราชบริพารภายใต้การยึดครองของทหาร^[37]ในปี พ.ศ. 2103 พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชได้ทรงย้ายเมืองหลวงของล้านช้างจากหลวงพระบางไปยังเวียงจันทน์อย่างเป็นทางการ ซึ่งจะยังคงเป็นเมืองหลวงต่อไปอีกสองร้อยห้าสิบปีข้างหน้าการเคลื่อนย้ายเมืองหลวงอย่างเป็นทางการเป็นไปตามโครงการสร้างที่กว้างขวางซึ่งรวมถึงการเสริมสร้างการป้องกัน ^{[เมือง]} การสร้างพระราชวังอย่างเป็นทางการขนาดใหญ่ และหอพระแก้วที่ประดิษฐานพระแก้วมรกต และการบูรณะครั้งใหญ่ที่พระธาตุหลวงในเวียงจันทน์ชาวพม่าหันไปทางเหนือเพื่อขับไล่พระเจ้าเมกุติแห่งล้านนาซึ่งล้มเหลวในการสนับสนุนการรุกรานกรุงศรีอยุธยาของพม่าในปี พ.ศ. 2106 เมื่อเชียงใหม่พ่ายแพ้ต่อพม่า ผู้ลี้ภัยจำนวนหนึ่งหนีไปเวียงจันทน์และล้านช้างพระเจ้าไชยเชษฐาธิราชทรงตระหนักว่าเวียงจันทน์ไม่อาจต้านทานการปิดล้อมที่ยืดเยื้อได้ จึงทรงสั่งให้อพยพคนออกจากเมืองและริบเสบียงเมื่อพม่ายึดเวียงจันทน์ พวกเขาถูกบังคับให้เข้าไปในชนบทเพื่อหาเสบียง ซึ่งกษัตริย์เชษฐาธิราชทรงจัดการโจมตีแบบกองโจรและการโจมตีขนาดเล็กเพื่อคุกคามกองทหารพม่าเมื่อเผชิญกับโรคภัยไข้เจ็บ ภาวะทุพโภชนาการ และสงครามกองโจรที่ทำลายศีลธรรม กษัตริย์บุเรงนองจึงถูกบังคับให้ล่าถอยในปี พ.ศ. 2108 ปล่อยให้ล้านช้างเป็นอาณาจักรไทที่เป็นอิสระเพียงแห่งเดียวที่ยังเหลืออยู่^[39]